开小超市办理食品经营许可证需要准备以下材料和手续：
一、申请材料食品经营许可申请书：这是向食品安全监督管理部门提出申请的必备文件，需详细填写经营内容、地点等相关信息。
营业执照或其他主体资格证明文件复印件：证明超市具备合法经营资格，是申请食品经营许可证的基础。
经营场所的相关文件：
经营场所周边环境图、平面布局图（图纸需打印）。空间平面布局图标明用途、面积、设备设施位置等，对于经营散装食品的，空间平面布局图应体现出单独的销售区域。
经营场所使用证明以及经营场所的具体方位图。自建房产的，提供产权证明；租赁的，提交租赁合同及产权证明或经营场所使用证明。多家企业使用同一门牌号的经营场所的，申请人还应当提交以建筑物为平面图的地址分割方位图示。
提交缴纳税费的单据证明，证明所使用的水是正规自来水公司提供的。
与食品经营相适应的主要设备设施布局、操作流程等文件：
设备设施布局图，清晰标明食品加工、储存、销售等区域的设置。
操作流程说明，详细描述食品的采购、储存、加工、销售等环节的操作规范。
与食品经营活动相适应的食品经营设备、工具清单。例如，紫外灯、更衣设备、盥洗设备、采光、照明、通风、防腐、防尘、防蝇、防鼠、防虫、洗涤以及处理废水、存放垃圾和废气物的设备和工具等。
保证食品安全的规章制度：
食品安全自查制度，定期对超市的食品安全状况进行检查和评估。
从业人员健康管理制度，确保员工身体健康，防止疾病传播。
进货查验记录制度，严格把控食品来源，确保进货渠道的安全可靠。
食品安全事故处置制度，制定应急预案，及时应对和处理食品安全事故。
利用自动售货设备从事食品销售的：申请人还应当提交自动售货设备的产品合格证明、具体放置地点，经营者名称、住所、联系方式、食品经营许可证的公示方法等材料。
委托代理人办理的：代理人应当提交授权委托书以及代理人的身份证明文件。
准备材料：按照上述要求准备齐全的申请材料。
提交申请：携带准备好的申请材料，前往当地市场监督管理局或政务大厅的食品药品监督管理部门窗口提交申请。
材料审查：食品药品监督管理部门会对提交的申请材料进行审查，如材料不齐全或不符合法定形式，会告知申请人需要补正的全部内容。
现场核查：审查通过后，食品药品监督管理部门会安排人员对小超市进行现场核查，检查其经营场所、设备设施、操作流程等是否符合食品安全标准。
颁发许可证：现场核查符合标准的，食品药品监督管理部门会作出准予行政许可的决定，并在法定时限内向申请人颁发食品经营许可证。不符合标准的，会书面说明理由，并告知申请人享有依法申请行政复议或提起行政诉讼的权利。