办理二类医疗器械经营备案需要提交相关的申请材料，并按照规定进行装订，如：
经营备案表；
营业执照；
关于医疗器械管理制度及人员情况的详细材料，包括法定代表人的身份证明等；企业的相关文件，如公司公章、经营方式说明等；
医疗器械仓储条件证明材料，如经营场所的租赁证明文件、仓储库房的平面图等，需要有规范的文件或协议；经营质量管理制度、工作程序等文件目录；
申请者应当如实填写备案表，之后到当地的食品药品监管部门提交申请材料，并按照要求进行审核。受理机关向申请者出具受理通知书，并将申请材料转审查部门进行审查。相关部门对申请材料进行审查，审核通过后将备案凭证送达申请者。