如果医疗器械注册证丢失了，企业应立即采取以下措施进行补办：
一、报告遗失情况企业一旦发现医疗器械注册证遗失，应立即向当地药品监督管理部门报告遗失情况，并详细说明遗失的原因和经过。报告时应提供丢失证件的名称、编号、有效期等基本信息。此举旨在尽快获得相关部门理解和支持，为后续补办工作做好准备。
二、准备补办材料根据当地药品监督管理部门的要求，企业需要准备一系列补办材料，包括但不限于：
补办申请表：填写完整的补办申请表，详细说明丢失的原因和经过。
身份证明：提供企业营业执照、法定代表人身份证明等文件。
医疗器械注册证明材料：提供与注册证相关的技术文件、质量管理体系文件等证明材料。
公告证明：在公开发行的报刊上刊登丢失声明，并提供相关证明文件。这一步是为了防止他人冒用，同时也是一种法律上的证据保全。
企业将准备好的补办材料提交给当地药品监督管理部门。在提交申请时，需再次说明丢失原因和经过，并提供所有相关证明材料。此外，根据当地规定，可能还需要缴纳一定的补办费用。
四、审核与核查药品监督管理部门会对提交的申请材料进行审核与核查。审核内容主要包括确认材料的真实性、完整性和合规性，以及核实企业是否满足补办条件。在审核过程中，企业应积极配合，提供必要的支持和协助，以加快审查进程。
五、颁发新证经过审核与核查后，如果申请材料符合要求，药品监督管理部门将颁发新的医疗器械注册证。新证将注明补办日期，并在备注栏中载明“XXXX年XX月XX日补发，原XXXX年XX月XX日发放的注册证作废”。企业应携带有效证件到相关部门领取补办的注册证，并确保妥善保管，防止再次遗失。
六、加强内部管理为避免类似事件再次发生，企业应加强内部管理措施。例如，建立健全档案管理制度，定期备份重要文件资料；加强员工培训，提高员工对证件重要性的认识；完善审批流程和权限设置，降低证件丢失风险。
总之，医疗器械注册证补办是一个相对复杂的过程，需要企业严格按照规定的流程操作。通过了解并熟悉补办程序，企业可以更加高效地完成补办工作，保障产品的合法上市销售。