化妆品生产许可证的审批部门与SC（食品安全生产许可）食品生产许可证的审批部门不相同。
化妆品生产许可证的审批部门是所在地省、自治区、直辖市人民政府药品监督管理部门。企业需要向该部门提出申请，并提交符合《化妆品监督管理条例》规定的证明资料，包括但不限于企业营业执照、生产场地和环境条件证明、生产设备设施清单、技术人员资质证明、检验人员和检验设备证明以及化妆品质量安全管理制度等。药品监督管理部门将对申请资料进行审核，并对申请人的生产场所进行现场核查，以确保其符合化妆品生产的相关要求。对符合规定条件的，准予许可并发给化妆品生产许可证；对不符合规定条件的，将不予许可并书面说明理由。
而SC食品生产许可证的审批部门则是县级以上地方人民政府食品安全监督管理部门，也即通常所说的质量技术监督局。企业需要准备包括营业执照、技术人员和实验检测人员名单、生产条件证明、技术文件和工艺文件、质量管理制度和责任制度、执行标准以及符合国家产业政策的规定等材料，并提交至质量技术监督局进行申请。质监局收到申请材料后，会进行审验，材料符合受理标准后，会通知企业并指派审查员组成审查组进行现场核查。审核通过后，企业将获得SC食品生产许可证。
综上所述，虽然化妆品生产许可证和SC食品生产许可证都是企业生产相关产品的法定资质，但它们的审批部门是不同的。