境外投资备案申请注册主要涉及发改委、商务部门和外汇管理局三个部门，具体流程如下：
发改委备案
权限确认：中央管理企业和地方企业投资 3 亿美元以上境外投资非敏感类项目（备案）、敏感类项目（核准）属于国家发展改革委受理事项。地方企业投资 3 亿美元以下境外投资非敏感类项目备案，由投资主体注册地的地方发改部门负责。投资主体通过提供融资或内保外贷等方式进行境外投资的，也需在发改部门备案6。
材料准备：通常需要境外投资项目备案申请表、投资主体注册登记证明文件、追溯至终实际控制人的投资主体股权架构、新的投资主体财务报表、投资主体投资决策文件、具有法律约束力的协议或类似文件证明、投资资金来源真实合规的支持性文件、境外投资真实性承诺书等6。
在线申报：企业登录全国境外投资管理和服务网络系统，注册账号后填报项目信息并上传相关申请材料。部分地区要求中方投资额 1000 万美元以上项目需经属地发改部门审查并盖章，扫描后一并上传6。
审核与批复：发改部门对申报材料进行审核，审核通过后出具《项目备案通知书》或核准文件。一般审核时间为 7 个工作日左右，审核可能需要 14 个工作日6。
材料准备：对于新设项目，需准备《境外投资备案表》、境外投资真实性承诺书、营业执照复印件、相关董事会决议或出资决议、对外投资设立的企业章程、可行性研究报告、投资资金来源情况说明及资金证明、投资环境分析评价等材料。若企业在境外设立分支机构，所需材料相对较少。对于并购项目，除新设项目材料外，还需提供《境外并购事项前期报告表》和尽职调查报告26。
在线申报：企业登录商务部业务系统统一平台（企业端），按照要求填报备案表并上传电子材料26。
审核与发证：商务部门对申请材料进行审核，符合条件的颁发《企业境外投资证书》。审核时间一般为 7 个工作日左右26。
材料提交：企业将发改委的《项目备案通知书》、商务部门的《企业境外投资证书》以及其他相关材料提交至银行（外汇指定银行）6。
外汇登记：银行对材料进行真实性审核后，为企业办理境外直接投资外汇登记手续。企业获得境外直接投资外汇登记证后，方可进行境外投资资金的汇出等操作6。
