一阶段审核侧重点把握
容易出现一阶段审核不充分的情况，例如该阶段发现的不符合项却在第二阶段才开出，或者一、二阶段重复审核某些要素（如4.2，4.3.1，4.3.2，4.5.4，4.6等要素），导致审核资源的浪费。需要准确把握一阶段审核重点，为二阶段审核提供正确方向，避免重复工作和审核资源的无效消耗。
审核范围确认
由于环境问题的复杂性和不可分割性，若审核范围界定不准确，例如将一些重污染工序错误作为相关方，而将一些环境要素较为单纯、环境绩效比较良好的工序作为一个单独的组织来申请认证，会给认证机构带来质量风险。需要通过必要的现场审核，对组织的管理权限、活动范围和现场区域等各个方面加以明确。
体系基础要素审核
管理评审可信度审核：一阶段审核除要关注组织管理评审的可信度外，还应审核其主要内容，了解组织管理层对环境管理体系的总体评价。
内审记录审核：要审核一阶段对内审必要的记录，如内审的年度计划、具体计划，首末次会议签到表，检查表及不符合项目纠正措施，并已付诸实施的可信度。这需要审核员仔细检查各项内审记录的完整性和有效性。
法律法规符合性审核：要对组织是否充分识别其环境因素相应的法律法规的条款和内容作出评价，并且对组织法律法规的符合性作出评价。在中国，遵守法律法规是实施ISO14000的前提，审核员需要了解国内相关规定，如以当地有关行政部门的批文（如环境影响评价批文等）为准的排放标准，还要考虑如一控双达标等相关政策的时间要求等。
环境因素识别与评价审核：重点审核环境因素的识别与重要环境因素的评价程序及识别、评价过程的记录与结果。要确保在环境因素充分识别的基础上，准确、适宜地评价出体系所要控制的重要环境因素。这要求审核员熟悉各种环境因素识别和评价方法，能够判断组织的识别和评价是否准确，避免出现如污水超标企业却逃避污水排放这个重要环境因素，而将节约用纸作为重要环境因素等不合理情况。
运行时间审核：运行时间的审核对体系有效性至关重要，这需要审核员细致地核对各项时间记录，确保体系运行时间符合要求，保障体系的有效性审核。
重要环境因素控制审核
要检查组织是否对所有的重要环境因素确定了其控制准则、方法、程序、作业指导书，以及对重要环境因素的控制要求是否形成相应规定（如程序文件、作业文件等），这需要审核员对整个体系有深入的理解和综合判断能力。
文件化信息控制审核
审核文件化信息的控制（7.5.3）时，可能存在文件未有分发至具体的岗位，特别是关键岗位处、文件的适宜性未及时进行评审、更新（如法律法规发生了变化，但未及时对相关文件进行适宜性评审，未及时进行必要的更新）、文件的形式不适宜（如MSDS资料为英文版，但现场操作人员对英文的识别能力不足）等难点。审核员需要检查文件管理的各个环节是否符合要求，以确保文件化信息对环境管理体系的有效支持。
建立、运行和保持的资源投入
组织管理体系的建立、运行和保持需要投入大量的人力和物力。这需要组织具备完善的管理制度，以及可以执行和监督这些制度的管理团队。
企业基本资格与合规性
企业需取得行政管理部门或相关机构登记的法人资格，即持有有效的营业执照，并按规定进行年检。根据行业特性，企业需取得相关法律法规的行政要求许可文件，如建筑和市政企业的资质证书和安全生产许可证，食品生产企业的QS证书，家电生产企业的CCC证书等。并且企业必须严格遵守中国及地方的环境法律、法规、标准和总量控制要求，污染物排放需符合国家或地方污染物排放标准，且在申请日前一年内未发生重大环境事故，当地也未发生重大环保事故。
环境管理体系建立与运行
企业需根据ISO14001标准的要求，建立文件化的环境管理体系，并确保体系的有效运行。环境管理体系需至少运行三个月以上，并在此期间进行至少一次管理评审和内部质量体系审核。企业应承诺持续改进其环境管理体系，以不断提高环境绩效。
产品与服务合规性
生产、加工的产品或提供的服务需符合中华人民共和国相关法律、法规、安全卫生标准和有关规范的要求。
环境监测报告与守法证明
提供有效期内的环境监测报告，包括水、声、气等方面的监测数据。申请日前一年内，未受到地方环保机关处罚，并能提供的守法证明。
特殊行业要求
对于特定行业（如建筑、市政、食品生产、家电生产等），还需满足该行业特有的要求。
环保资料不完整
如厂房建设期间环保资料不完整，缺少建设项目环境影响报告书（表）、环境影响报告批复、建设项目环境保护三同时验收、消防验收报告等关键文件。
环境因素相关问题
环境因素识别不齐全，未能充分按生产经营过程的范围、生产工艺流程的顺序、产品的生命周期等来识别；环境因素评价不合理，对重要环境因素的确定存在偏差；环境因素未及时更新，如生产工艺、材料、法律法规等发生变化时，未及时对环境因素重新识别、更新。
重要环境因素控制问题
未能对所有的重要环境因素确定其控制方法/程序；对重要环境因素的控制要求未能形成相应规定，如程序文件、作业文件或其他方式。
法律法规识别与评审问题
法律法规及其他要求识别不充分，特别是地方法规、客户的要求未识别到位；对相关法律法规及其他要求未进行适用性评审，未能识别到法律法规及其他要求中具体的适用条款；未及时对法律法规及其他要求进行更新。
环境目标相关问题
未能充分考虑到重要环境因素来制定环境目标；对已确定的环境目标未规定其具体的指标，部分指标无法测量；对所有的目标、指标未能予以制定对应的管理方案，管理方案的职责不明确、起止日期不清楚、缺乏资金预算。
岗位职责与人员能力问题
对各岗位职责、权限中缺少环境管理方面的要求；对关键岗位未规定其任职能力要求；环保设施的投入不足；关键岗位人员的配备不足，或能力未能满足要求；全员环境意识培训不足，或有培训但缺乏培训后的考核、培训效果评价；岗位人员对自己所在的岗位存在的重要环境因素不清楚，对重要环境因素的控制方法不熟悉。
信息交流问题
对重要环境因素需要的信息交流未予以规定；未建立外部信息交流的渠道；对外部相关方的投诉、抱怨未形成记录，未能及时进行处理，处理后未及时对相关方进行回复；缺乏内部相关方的信息交流。
文件管理问题
文件未有分发至具体的岗位，特别是关键岗位处；文件的适宜性未及时进行评审、更新；文件的形式不适宜。
运行控制问题
运行控制程序中未明确规定规定的标准；未能将运行控制的要求通报至供方；现场环境运行控制存在缺失，如垃圾分类未明确规定、环保设施运行不正常等。
应急计划相关问题
未能针对潜在的重要环境因素制定对应的应急计划；有制定应急计划/预案，但未展开相应的培训、演练；应急预案执行后或演练后，未对应急程序进行评审、修订。
监测和测量问题
对监测和测量的策划不足；未对目标、指标和管理方案的执行状况进行监测和测量；未能提供对日常运行管理过程的监控记录；未定期进行噪声、废气/粉尘、废水的监测；自有监测设备未定期进行校准或检定。
合规性评价问题
未形成合规性评价控制程序；未能提供合规性评价的证据；合规性评价未能覆盖所有适用的法律法规和其他要求。
