企业申请阶段
选择具有资质的第三方认证机构，以保障证书有效性和与自身其他体系的衔接 。
与认证机构签署认证合同，并提交相关材料，如危害分析、HACCP计划表、确定关键控制点(CCP)的科学依据、厂区平面图、生产工艺流程图、车间布局图等，还需提交营业执照(含组织机构代码证)、工艺流程图或业务流程图、手册文件、程序文件、平面布置图、HACCP计划、法律法规清单、行业资质证书(3C认证证书、工业产品生产许可证、安全生产许可证、卫生许可证、食品QS标志认证证书等) 。
企业应提前运行HACCP体系。认证费用根据企业规模、认证产品的品种、工艺、安全风险及审核所需人天数，按照CNAB制定的标准计费 。
认证审核阶段
认证机构接受申请后成立审核小组并制定审核计划，审核分为内审和现场评审两个阶段。对内审阶段企业的程序文件和操作规范、员工培训、设备的维修和保养等文件记录进行审核，审核组独立进行危害分析，与企业达成关键控制点判定一致 。
进行第二阶段审核（必须在审核方的现场进行），审核组主要评价HACCP体系、GMP或SSOP的适宜性、符合性、有效性，特别关注关键控制点(CCP)的监控、纠正措施、验证、监控人员的培训教育，以及新危害产生时体系能否进行危害分析并有效控制等方面 。
现场审核结束后，审核小组向企业提交不符合项报告，企业在规定时间内整改不符合项，经审核小组验证后关闭不符合项。审核小组将终审核结果提交认证机构作出认证决定，认证机构颁发认证证书 。
证书保持阶段
HACCP体系证书有效期一般为一年，企业在证书有效期内要保证HACCP体系持续运行，并且每半年进行一次监督审核 。
如果企业在证书有效期内对自身运行的HACCP体系进行了重大的整改和变更，需要及时通知认证机构，认证机构针对整改进行复审确保其有效性 。
复审换证阶段
认证机构在获证企业HACCP证书有效期结束前安排体系的复审，复审通过后向获证企业换发新的认证证书 。
企业资质方面
产品生产企业应为有明确法人地位的实体，取得国家市场监督管理部门或有关机构注册登记的法人资格(或其组成部分) 。
企业应取得相关法规规定的行政许可文件(如QS生产许可证等) 。
产品要求方面
企业生产的产品应有注册商标，且产品质量稳定，能够进行批量生产 。
企业的生产经营活动需符合我国和进口国(地区)相关法律、法规、标准和规范的要求 。
质量管理体系方面
企业应按GMP(良好生产规范)和HACCP基本原理的要求建立和实施质量管理体系，并确保该体系运行有效 。
在申请认证前，企业的HACCP体系应至少有效运行三个月，并在此期间至少做过一次内审，企业应对内审中发现的不合格项进行确认、整改和跟踪验证 。
信用记录方面
企业未列入国家信用信息严重失信主体相关名录 。
企业在一年内未发生违反我国和进口国(地区)相关法律、法规的食品安全事故 。
企业在三年内未因违反特定规则而被认证机构撤销HACCP认证证书 。
企业基本信息文件
营业执照、组织机构代码证、QS生产许可证等(副本需盖公章)，证明企业的法律地位和生产资质 。
企业组织架构和人员信息
公司人员名单、组织架构图，展示企业的组织结构和各部门职责 。
生产相关信息
生产食品清单，详细列出企业生产的所有食品种类 。
主要设备/工具清单、监测设备清单(包括型号、数量、生产厂家等信息)，证明企业具备生产所需的设备和工具 。
平面图、设备布置图、人流物流图、供排水图等，展示企业的生产环境和设施布局 。
主要产品的执行标准，如果是企业标准需要有备案 。
产品检验报告、水质检测报告等资料，证明企业生产的产品符合相关标准和要求 。
HACCP体系文件
HACCP手册、产品描述、工艺流程图、工艺描述、危害分析、相应的危害控制措施及其确认和验证要求等，展示企业的HACCP体系运行情况 。
食品添加剂使用情况说明，包括使用的添加剂名称、用量、适用产品及限量标准等(如适用) 。
多场所清单及委托加工情况说明(如适用) 。
承诺遵守相关法律、法规、认证机构要求及提供材料真实性的自我声明 。
