ISO9001 体系证书的申请流程如下：
前期准备建立体系：依据 ISO9001 标准建立文件化的质量管理体系，涵盖质量手册、程序文件、作业指导书等。
体系运行：确保质量管理体系持续运行三个月以上，保证各项流程和制度在实际工作中得到有效执行。
内部审核与管理评审：至少进行一次内部质量管理体系内审与管理评审，且内审要覆盖所有场所和标准条款，以检查体系的运行效果和符合性。
选择机构：挑选具有资质和良好信誉的认证机构，可参考机构的认证范围、客户评价、收费标准等。
提交申请：向选定的认证机构提交详细的认证申请书，附带质量管理体系文件、内部审核报告和管理评审报告等材料。
签订合同：认证机构审查申请材料后，若决定受理，双方将签订《质量管理体系认证服务合同》，明确认证范围、时间、费用等事项。
第一阶段审核（预评审）：受审核方将正式发布的质量管理体系手册、程序文件送交认证公司，审核组长进行文件审查，了解公司实际情况与体系文件是否一致等，如有不符合处，受审核方需修改直至符合要求。
第二阶段审核（现场审核）：审核组按认证计划进行现场审核，覆盖申请认证全部范围并符合 ISO9001 标准全部要求，采用抽样审核方式，开出不符合项并要求实施纠正，现场审核结束给出书面审核报告，告知是否予以批准注册。
认证决定与证书颁发：认证机构根据审核结果做出认证决定，若通过认证，将颁发 ISO9001 质量管理体系认证证书。
监督审核：在证书有效期内，认证机构通常会安排 2 次监督审核，第一次监督审核在 9-12 个月内进行，以后每一次不超过 12 个月，根据审核结果作出保持、扩大、缩小、暂停、注销认证的决定。
复评（换证审核）：认证证书有效期届满时，获证方至少应提前 3 个月向认证公司提出复评申请，复评合格后换发新证书，复评程序与认证程序一致，可与有效期内的最后一次临近审核结合进行。