近年来，制药行业成为环境污染的高发事件，在产过程制药业使用多种原料，同时生产工艺复杂多变，产生的废水等成分也十分复杂,是目前公认的三大难处理工业废水之一，同时也是国家环保规划中重点治理的12个行业之一。
制药废水大多数具有有机物浓度高、色度高、含难降解和对微生物有毒性的物质、水质成分复杂、可生化性差等特点。废水中的残留抗生素和高浓度有机物使传统生物处理法很难达到预期的处理效果，因残留抗生素对微生物的强烈抑制作用使好氧菌中毒，造成好氧处理困难；而厌氧处理高浓度的有机物又难以满足出水达标，还需进一步处理。
制药行业较为特殊，它涉及到抗生素的问题。制药行业分为几大类，每类都有各自的排放标准，而且制药企业所在的地区也有地方政府制定的污染排放标准，目前国家制定的许多技术政策大多都是从理念出发，推荐一些主流的技术工艺。就制药行业而言，最核心的技术是厌氧好氧的组合工艺，另外预处理方面有微电解、铁碳微电解-fenton、混凝沉淀、强化吸附、臭氧氧化等高级氧化系列的一些工艺，后期还有膜处理、离子交换、深度过滤等技术。
制药行业分生物制药与化学制药。含抗生素的污水，水质特性较多，经处理后能勉强达标排放，但含有土霉素、四环素等物质的污水目前还没有很好的工艺。另外，制药污水还需解决溶媒散发的刺激性气味的问题，挥发性物质散发到空间中，会对周边环境造成很大影响。制药中菌渣对环境和生态造成影响，它的灭活问题国家已开始重视，有了一些科研立项，现在重点关注的是污水排放及含菌渣污泥的处理。对于环保法的修订，个人的一点看法是罚款额度太低，对违法行为起不到约束作用。
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