1. 税务处理方式不同
有劳务派遣许可证的公司：可以享受差额纳税政策。根据财税〔2016〕47号文件规定，劳务派遣公司可以选择以取得的全部价款和价外费用，扣除代用工单位支付给劳务派遣员工的工资、福利和为其办理社会保险及住房公积金后的余额为销售额，按照简易计税方法依5%的征收率计算缴纳增值税。这种方式可以减少税负。
无劳务派遣许可证的公司：无法享受差额纳税政策。如果未取得许可证而从事劳务派遣业务，可能被视为违规经营，税务处理上需按照一般计税方法全额纳税，无法扣除代付的工资、社保等费用，导致税负增加。
2. 发票开具规定不同
有劳务派遣许可证的公司：
选择差额纳税的：向用工单位收取用于支付给劳务派遣员工工资、福利和为其办理社会保险及住房公积金的费用，不得开具增值税专用发票，可以开具普通发票。
差额部分：按5%征收率开具增值税专用发票。
无劳务派遣许可证的公司：可能无法合法开具劳务派遣服务的增值税发票，影响业务结算和税务合规。
3. 税务风险不同
有劳务派遣许可证的公司：在税务检查中，如果能够提供完整的工资表、银行流水、营业执照、劳务派遣许可证等资料，符合差额纳税的规定，税务风险较低。
无劳务派遣许可证的公司：存在较大的税务风险，可能被认定为偷逃税款，面临补缴税款、滞纳金和罚款，甚至影响企业的纳税信用等级。
4. 成本列支与企业所得税影响
有劳务派遣许可证的公司：用工单位直接支付给劳务派遣公司的费用，可作为劳务费支出在税前扣除；直接支付给员工个人的费用，可作为工资薪金支出或职工福利费支出扣除。
无劳务派遣许可证的公司：相关费用可能无法在税前合法列支，增加企业所得税负担。
5. 政策合规性
有劳务派遣许可证的公司：符合国家对劳务派遣业务的监管要求，能够合法享受相关税收优惠政策。
无劳务派遣许可证的公司：属于违规经营，不仅税务处理受限，还可能面临人力资源和社会保障部门的处罚。