土地增值税清算是指纳税人在符合土地增值税清算条件后，依照税收法律、法规及土地增值税有关的政策的规定，计算房地产开发项目应缴纳的土地增值税税额，并填写土地增值税清算申报表，向主管税务机关提供有关资料、办理土地增值税清算手续，结清该房地产项目应缴纳土地增值税税款的行为。
本文针对房地产企业在土地增值税清算中存在的问题，提出相应的应对策略，供大家参考。
实战案例
案例一：
湖北某旅游开发有限公司主要从事商品房产、旅游房产的开发与销售，该企业委托财合税平台专家团队清算的项目有3个，在清算的过程中发现该企业同时开展多个施工建设的项目，但是借款用途未详细说明。
发现问题后，专家团队首先根据建筑面积、工程成本等方式进行账务分摊，随后与税务局进行多轮沟通，税务局给的回复是只能按照5%的比例计算扣除，后算下来有3000多万的利息不能扣除。
其次，该企业的开发间接费用核算没有明确记录，导致清算过程中，计算分摊数额比较困难，相关附件资料收集起来也存在问题，存在少统计的情况，导致增值税虚高，多交税。
后，工抵房处理时，有将近2000万未未索取工程发票，账上直接处理，由于时间久远，再联系对方取得发票比较困难，有些公司主体可能都不存在，进一步增加核算难度。
案例二：
湖北某投资有限公司，本企业主要从事商品房及非住宅的开发与销售，该企业委托我们进行某项目的土增清算。
该项目的情况是，收入29340万，土地使用权通过城中村改造和拆迁取得，然后进行安置房、商品房、写字楼和商场的开发。
清算过程中，主要发现以下问题：1、本企业取得的土地使用权拆迁所支付的价款，未进行契税申报，不能作为扣除项目；2、回迁安置房未开票部分未确认收入，需要补申报；3、企业已售卖的商铺中，使用了高价卖，再回租的销售模式，导致企业增值税税负高。
案例三：
崇阳县某房地产开发有限公司，本企业主要从事商品房的开发与销售，该企业委托我们进行2个项目的土增清算。
清算过程中存在以下问题：1、企业土地使用权通过拆迁和出让取得，其中拆迁取得部分，未进行契税申报；2、未销售的房产进行出租，取得的租金收入，未进行房产税申报；3、开票收入未及时确认收入，一直挂账预收账款，在被税务稽查的过程中，税款被加收滞纳金。
知识延伸
问：杭州某处房地产开发项目完成土地增值税清算之后，剩下商铺和车位销售应当如何缴纳土地增值税？答：商铺的后续销售：清算后再转让房地产的处理，在土地增值税清算时未转让的房地产，清算后销售或有偿转让的，纳税人应按规定进行土地增值税的纳税申报，扣除项目金额按清算时的单位建筑面积成本费用乘以销售或转让面积计算。单位建筑面积成本费用=清算时的扣除项目总金额÷清算的总建筑面积
政策
国税发［2006］187号：国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知八、清算后再转让房地产的处理在土地增值税清算时未转让的房地产，清算后销售或有偿转让的，纳税人应按规定进行土地增值税的纳税申报，扣除项目金额按清算时的单位建筑面积成本费用乘以销售或转让面积计算。单位建筑面积成本费用=清算时的扣除项目总金额÷清算的总建筑面积车位后续销售：对清算后让渡无产权的车库（车位）让渡收入，根据该清算单位土地增值税清算时确定的税负率计算征收土地增值税，即：计算缴纳的应缴土地增值税 = 无产权房产让渡收入*该清算单位的清算税负率。
政策
浙江省地方税务局公告2014年第16号 浙江省地方税务局关于土地增值税若干政策问题的公告：五、让渡无产权的车库（车位）、储藏室等使用权的征收对房地产开发企业以转让使用权或提供长期使用权的形式，有偿让渡无产权车库（车位）、储藏室（以下简称无产权房产）等使用权的，其取得的让渡收入应按以下规定计算征收土地增值税。（一）对清算前取得的让渡收入应并入清算单位收入一并计算征收土地增值税。对不同类型房地产开发产品，应分别计算增值额的，让渡收入应按照建筑面积法在不同类型可售房产之间进行分摊，分别并计不同类型可售房产的收入。（二）对清算后取得的让渡收入，根据该清算单位土地增值税清算时确定的税负率计算征收土地增值税，即：计算缴纳的应缴土地增值税 = 无产权房产让渡收入*该清算单位的清算税负率。