悬浮物和油脂
废水中的悬浮物会堵塞树脂孔隙，油脂会包住树脂颗粒，它们都会使交换能力下降，因此这些物质含量较多时应进行预处理，预处方法有沉淀、过滤、吸附等。
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有机物
废水中某些高分子有机物与树脂活性基团的固定离子结合力很强，一旦结合就很难再生，结果降低树脂的再生率和交换能力。
为了减少树脂的有机污染，可选用低交联度的树脂或者废水进行交换处理前的预处理。
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高价金属离子
废水中Fe3+、AL3+、Cr2+等高价金属离子可能导致树脂中毒，当树脂受铁离子中毒时，会使树脂的颜色变深。
从阳树脂的选择性可看出，高价金属离子易为树脂吸附，再生时难以洗脱，结果会降低树脂的交换能力，为了恢复树脂的交换能力可用高浓度酸液长时间浸泡。
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pH值
离子交换树脂是由网状结构的高分子固体与附在母体上许多活性基团构成的不溶性高分子电解质。
强酸性和强碱性树脂的活性基团的电离能力很强，交换能力基本上与pH值无关，但弱酸性树脂在低pH值时不电离或部分电离，因此在碱性条件下，才能得到较大的交换能力。
弱碱性树脂在酸性溶液中才能得到较大的交换能力。
鳌合树脂对金属的结合与pH值有很大关系，对每种金属都有适宜的pH值。
另外，有的杂质在废水中存在的状态与pH值有关。例如含铬废水中，Cr2O2-7与 CrO2-4两种离子的比例与pH值有关。
用阴离子树脂去除废水中的六价铬，其交换能力在酸性条件下比在碱性条件下为高，因为同样交换一个二价阴离子Cr2O2-7比CrO2-4多一个铬。
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水温
水温高虽可加速离子交换的扩散，但各种离子交换树脂都有一定的允许使用温度范围，如某些阳离子交换树脂允许使用温度小于110℃，而某些阴离子交换树脂小于60℃。
水温超过允许温度时，会使树脂交换基团被分解破坏，从而降低树脂的交换能力，所以温度太高时，应进行降温处理。
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氧化剂
废水中如果含有氧化剂(如Cl2、O2、H2Cr2O7等)时，会使树脂氧化分解。强碱性阴离子交换树脂容易被氧化剂氧化，使交换基团变成非碱性物质，可能完全丧失交换能力。
氧化作用也会影响交换树脂的母体，使树脂加速老化，结果交换能力下降。为了减轻氧化剂对树脂的影响，可选用交联度大的树脂或加入适当的还原剂。
另外，用离子交换树脂处理高浓度电解质废水时，由于渗透压的作用也会使树脂发生破碎现象，处理这种废水，一般可选交联度大的树脂。