生物菌肥的群体携连作用，能极大的改变土壤性质和土壤环境，可改良土壤板结和土地肥力，帮助农作物吸收土壤里有机肥或无机肥的利用率，达到合理用肥和节省肥料目的，能分解土壤中残留的农药，使其还原于抗氧化状态。生物菌肥不仅有固氮、解磷、解钾功能，还能调节土壤酸、碱度的平衡，促进土壤团粒化和保水、保墒、透气性能。使土壤中ph值始终处于5.5-6.5之间，从而达到增强抗病、抗虫能力，其生物菌群分泌合成的有机酸、生物酶、活性素等可直接促进植物生长，充分发挥了植物在良性状态中的增产潜力。怎样合理使用生物菌肥，是东至县牧禾科普协会推广的技术核心。因此，必须掌握好生物菌肥的性能和使用方法。
1、生物菌肥适宜在15-35℃的气温中能快速扩繁。特别是在干湿交替灌溉状态下的水稻田里，能很好的发挥生物菌的活性，并能够显著的促进稻禾健康旺盛生长。
2、生物菌肥在旱地施用的含水量应在30-60%之间宜于扩展繁殖。湿度低于30%施用时必须浇水，只有保证生物菌肥在土壤中有繁殖活性，才能帮助农作物吸收其它有机肥或无机肥的养分，特别是配合有机质肥应用还具有一定的抗旱作用。
3、生物菌肥在作物播种前期作基肥施用最佳。一是生物菌肥中的有益菌能杀掉土壤中的有害菌，二是能帮助植物吸收土壤中70%源在肥料营养，因此，适时的施用一定的生物菌肥，对植物苗期生长效果最佳。
4、生物菌肥最好在阴凉适宜的气候条件下施用。如清晨9点钟以前、傍晚4点钟以后或阴天，因为强烈的阳光紫外线会影响生物菌的活性，开包的生物菌肥尽量一次用完，气温低于10℃以下施用效果不明显。
5、生物菌肥不能与杀菌剂、除草剂、新鲜草木灰、碱性农药等直接混用。两者要间隔5-7天才可使用，混用的喷雾器也应清洗干净再用。否则，其农药残留会影响生物菌的活性。
6、生物菌肥的施用量一般2公斤/亩左右。经济型的棉花、果树用量要多一点，以基肥施用2公斤/亩为主，也可在作物分蘖期和花果期喷施，兑水量30公斤/包左右，尽量喷施在茎叶的背面，若再添加0.2%的磷酸二氢钾与硼砂等微量元素肥，或直接与“漯效王营养液”混合喷施效果更佳。
7、生物菌肥配合发酵后的农家有机粪肥施用效果最好。二者相辅相成，效果最佳，一能减少化学肥用量，达到合理用肥效果；二能改良土壤的板结，提高肥料利用率；三是增强了作物抗病、抗虫、抗灾能力。所以说，施用生物菌肥不仅能减少农药、化肥过多成本投入，同时还能起到作物生产节本增收与生态环保效益。
生物菌肥施入土壤中，有一个适应过程才能繁殖、生长活动，其显效期为7-10天后，就能逐渐均衡地给植物供养发挥作用，功效期可长达6-8个月，所以，一季作物只要施用一次生物菌肥，其功效期就能维持整个生长期的需求。