由于生物有机肥和精制有机肥（将畜禽粪便、秸秆等有机物料进行无害化处理后形成的商品有机肥）在商品形态上区别不大，加之一些精制有机肥厂家夸大宣传，在包装标识上打擦边球，有意靠近生物有机肥，给广大农民和一些经销商造成概念上的混淆。其实，生物有机肥和精制有机肥是有本质区别的。
第一、执行标准和考量指标不同。生物有机肥执行标准为ny884—2004，以有效活菌数和有机质为考量指标，要求每克含有效活菌数不低于2000万个，有机质不低于25%（按新检测方法调整为40%）。对无机养分的要求为：若产品中加入无机养分，应明示产品中总养分含量，以氮、五氧化二磷、氧化钾总量表示；而精制有机肥执行标准为ny525—2002，以有机质和氮磷钾为考量指标，要求有机质不低于30%，氮磷钾总含量不低于4%。简单说，生物有机肥含有益功能菌，精制有机肥不含有益功能菌。
第二、管理权限不同。生物有机肥的管理、发证机关为国家农业部，只有获得农业部微生物肥料登记证的生物有机肥才允许生产、销售和使用；精制有机肥的管理、发证机关为省级农业主管部门。简单说，生物有机肥是国家发证，精制有机肥是省上发证，这是区别生物有机肥和精制有机肥最直接的方法。
第三、生产工艺不同。生物有机肥是在发酵腐熟的有机肥中加入有益菌制成的，生产工艺的核心是菌种的发酵培养，培养结果要使产品中的有效活菌数达到农业行业标准的要求，否则就是不合格产品。而精制有机肥的生产工艺仅仅是有机肥的腐熟。从生产工艺考量，生物有机肥有菌种培养工艺，精制有机肥没有。有经验的经销商考察生物有机肥企业时，不仅看厂区规模，还要看有没有菌种培养工艺和工艺的先进性。
第四、施用效果不同。生物有机肥发挥作用的主要是其中的有益功能菌，因此除具有精制有机肥补充土壤有机质的功能外，还有疏松土壤、改善农作物品质、提高化肥利用率、刺激根系发育、防病抑病等菌肥的功能，另外，生物有机肥中的功能菌还能促进有机质进一步熟化和营养物质转化，提高有机质效能。简单说，生物有机肥的功能要比精制有机肥宽泛得多，充其量也只能说精制有机肥是生物有机肥的半成品。
第五、销售价格不同。相对精制有机肥而言，生物有机肥增加了菌种发酵环节，对工艺的要求要严格得多，较大幅度增加了生产成本，售价也有相应提高。