1、 茶叶和咖啡发酵
在咖啡发酵过程中利用碱性果胶酶除去咖啡豆的黏表皮。有时添加碱性果胶酶来去除含大量果胶质的果肉状表层。纤维素酶和半纤维素酶的协同作用可促进咖啡豆黏表皮的降解。碱性果胶酶也可用于茶叶加工，可促进茶叶发酵，不过要仔细调节用酶剂量以免破坏茶叶的有效成份。碱性果胶酶还可通过破坏茶叶中的果胶物质来改善速溶茶粉在冲泡过程中形成泡沫的性能。
2、 榨油
包括碱性果胶酶在内的细胞壁降解酶可以用于植物油的榨取过程。如在橄榄油榨制时加入碱性果胶酶可破坏起乳化作用的果胶来提高油的收率，而且榨出的油贮存时也非常稳定，多酚类物质和ve 含量也有所增加。
3、植物提取
将碱性果胶酶用于黄姜提取可促使黄姜有效成分释放，缩短发酵周期，提高盐酸水解黄姜皂苷的效能，直接降低了盐酸的耗用量，减少废酸排放量及洗酸用水量。
碱性果胶酶可用于从桔皮中提取香料油和胡萝卜素等医用原料，可以提高产品的质量和收率；用于果汁的制备，可提高水果出汁率．改善果汁过滤效果，加速和增强果汁的澄清作用：用于葡萄酒生产可提高葡萄酒的收率。
碱性果胶酶在食品行业的应用