在日本，公司商标变更需要按照以下步骤进行：
1. 决定商标变更事项：商标所有人需要决定商标变更的具体事项，例如商标名称、商标图案、商标颜色等。
2. 准备相关文件：商标所有人需要准备相关的文件，包括商标注册证书、商标使用证明、商标变更申请书等。
3. 向日本特许厅提交申请：商标所有人需要将准备好的文件提交给日本特许厅，并填写商标变更申请书。
4. 等待审批结果：日本特许厅会对商标变更申请进行审查，如果符合相关法规和规定，将会发放新的商标注册证书。
需要注意的是，在日本进行商标变更时，应该遵守相关法律法规和规定。如果商标变更涉及到商业秘密或其他敏感信息，建议寻求砖业法律意见。此外，还应该注意商标使用期限和续期等问题，以确保商标权利的持续有效。
