防止和减少水垢形成的关键在于，减少水垢中的矿物质金属离子，软化水质。主要有以下措施：
(1)将水质磁化。将一些小块磁铁安放在发动机冷却系统内，这些磁铁产生的磁场对冷却水有磁化作用，磁化水能减少水垢的形成，并且能使原有的水垢逐渐消失。
(2)利用沸水的软化特性。水烧开后会变软，加注到冷却系中，可以减少水垢的形成量。此法简单，但不能彻底软化水。
(3)加软化剂法。在需处理的硬水中加入软化剂，按每升水加0.15~1.5 g碳酸氢钠(小苏打)或0.6~0.7 g氢氧化钠(烧碱)的比例，搅拌沉淀后，将上面的清洁水注入冷却系中。
(4)加防腐剂(重烙酸钾k2cr2o7)法。在冷却液中经常加注重烙酸钾，既能防止水的腐蚀，也能减少水垢的产生。另外，如康明斯发动机规定使用dca冷却液，卡特彼勒发动机规定冷却液中应加防腐剂或使用防冻液。这些都能起到防止穴蚀、腐蚀、产生水垢的作用。
(5)冷却液最好是清洁的河水、雨水、雪水，而井水、自来水中含有大量的矿物质，最好经软化处理后再使用。
(6)及时添加冷却水，防止水散热器液位过低。
(7)常年使用防冻液，对防止水垢的形成和提高发动机的动力性会起到良好的作用。