亚美尼亚医疗器械EAEU认证的发证机构通常是亚美尼亚共和国卫生部或类似的卫生管理机构。在亚美尼亚，卫生部负责监督和管理医疗器械的市场准入和监管工作，因此他们可能负责颁发医疗器械的EAEU认证证书。
需要注意的是，虽然亚美尼亚作为EAEU的成员国之一，但EAEU认证是由EAEU成员国共同承认的认证体系，因此在申请EAEU认证时，可能需要与亚美尼亚的卫生部以及EAEU其他成员国的认证机构进行沟通和合作。
具体的发证机构和程序可能会根据认证的具体类型和要求而有所不同，建议您在申请认证之前与亚美尼亚的卫生部或认证机构联系，了解详细的认证流程和发证机构信息。这样可以确保您按照正确的程序进行申请，并最终获得有效的EAEU认证证书。