2008年，新版眼保健操问世。2008年5月至7月，北京市疾控中心对300名中小学生进行了新版眼保健操的试用追踪和效果评估。通过新、老眼保健操操作前后，学生的视力、脑力工作能力指数、眼血流速度等指标变化的比较，评估认为：新版眼保健操对改善学生视力、缓解眼部疲劳效果明显，各项指标优于老版的眼保健操。
新版眼保健操是据中医经络理论，对原来的两个章节进行修改后，又对其中一个章节进行替换，总时长仍为5分钟。老版有一节为“干洗脸”，考虑学生手上的细菌有可能进入眼睛和嘴部，因此新版将其改为“按头部督脉穴”。督脉穴是从面部人中穴到脊椎，考虑操作方便，第五节只按揉从前额到脑后发髻处的一段。此外，新版眼保健操在保证效果的同时，也考虑到了学生的兴趣，如第一节中增加了“脚趾抓地”动作，不仅可以刺激足底反射区的“头部”和“眼部”，而且新颖的方式也使学生们感到“很有意思”。