重庆企业在申请中长期外债备案登记时，可能会遇到以下难点：
政策理解不足：企业可能对zui新的外债备案登记政策理解不够深入，导致无法准确把握政策要求和变化，特别是在《企业中长期外债审核登记管理办法》（国家发展改革委令第56号）出台后，对债务工具类型、外债用途、审核登记要求等方面的细化规定需要仔细研读和理解。
材料准备不齐全：企业在准备申请材料时可能会遗漏一些关键文件，如营业执照副本、财务审计报告、外债借款合同或意向书、资金用途说明及相关证明文件等，这些材料的完整性和准确性直接影响备案登记的通过率。
外债用途不符合要求：根据政策，外债资金的使用应聚焦主业，有利于配合落实国家重大战略和支持实体经济发展，不得投向国家法律法规、国务院专门规定以及《重庆市产业投资禁投清单》明确禁止投资的行业。
风险管理不足：企业可能缺乏有效的外债风险管理措施，包括汇率、利率风险的对冲，以及外债风险防控预案的制定和执行。
信息披露不充分：企业在发行外债时需要加强信息披露，特别是在债券募集说明书等文件中，不得掺杂可能与政府信用挂钩的误导性宣传信息。
审核登记流程不熟悉：企业可能对外债审核登记的流程不够熟悉，包括申请时点、主体、途径、材料等要求，以及申请变更的适用情形和办理流程。
跨区域办理难度：对于需要在成渝地区跨区域办理跨境融资的企业，可能面临一定的难度，尽管成渝两地已启动外债便利化试点，但企业仍需熟悉相关操作指引和流程。
事中事后监管要求：企业需要适应创新和丰富的事中事后监管要求，包括在线监测、约谈函询、抽查核实等方式，以及外债资金使用情况、本息兑付情况的定期报告。
解决这些难点的关键在于深入理解政策要求，严格遵循申请流程，充分准备申请材料，加强风险管理，以及确保信息披露的透明度和准确性。