处理出口退税的疑点和争议通常需要遵循一定的程序和方法，确保问题能够得到妥善解决。以下是一些常见的处理步骤和建议：
1. 及时沟通和反馈
主动联系税务机关：如果在申报过程中发现疑点或遇到争议，应第一时间与主管税务机关沟通，了解具体问题所在。可以通过电话、电子邮件或现场拜访等方式进行。
提供详细资料：准备好所有相关的单证、合同、发票、报关单等资料，以便税务机关进行核查。确保提供的资料真实、完整、准确。
2. 自查和整改
自查问题：企业应自行检查是否存在申报错误、单证不符等问题。例如，检查报关单、发票、运输单据等是否一致，是否有遗漏或错误。
及时整改：如果发现错误，应立即进行整改。例如，重新开具正确的发票、修改报关单信息等。
3. 申请复议或申诉
行政复议：如果对税务机关的处理结果有异议，可以申请行政复议。根据《行政复议法》的规定，申请人可以在知道具体行政行为之日起60日内提出复议申请。
行政诉讼：如果对复议结果仍然不满意，可以向人民法院提起行政诉讼。根据《行政诉讼法》的规定，申请人可以在收到复议决定书之日起15日内向人民法院提起诉讼。
4. 寻求专业帮助
咨询专业机构：如果企业自身难以解决问题，可以寻求会计师事务所、税务师事务所等专业机构的帮助。这些机构通常有丰富的经验和专业知识，可以帮助企业更好地处理疑点和争议。
聘请律师：对于复杂的法律问题，可以聘请律师提供法律咨询和代理服务，特别是在进入行政诉讼阶段时，律师的专业支持尤为重要。
5. 利用政策支持
关注政策变化：定期关注国家税务总 局和地方税务局发布的最新政策和通知，了解最新的出口退税规定和操作指南。
利用便利措施：充分利用税务机关提供的各项便利措施，如电子税务局、国际贸易“单一窗口”等平台，简化申报流程，提高效率。
6. 建立长效机制
完善内部控制：企业应建立健全内部控制制度，加强对出口退税业务的管理，确保各个环节的操作合规、透明。
培训员工：定期对相关人员进行出口退税政策和操作流程的培训，提高员工的业务能力和合规意识。
具体案例处理方法
1. 备案单证不符或虚假
提供真实单证：如果发现备案单证不符或虚假，应立即提供真实、有效的单证，并说明原因。
解释合理性：如果存在合理的商业原因（如拼箱出口），应提供相关证据和解释，证明不存在骗税行为。
2. 报关单不符或虚假
核实信息：仔细核对报关单的信息，确保与实际出口货物一致。
提供证据：如果报关单存在错误，应提供正确的报关单和其他相关证据，证明货物的真实出口。
3. 发票异常
核实发票真实性：如果发票被认定为异常，应核实发票的真实性，提供相关证据（如购销合同、付款凭证等）。
申请复核：向税务机关申请复核，说明发票的真实性和合法性。
4. 出口退运
正确处理退运：如果货物发生退运，应在退税申报系统中进行数据冲减，选择正确的业务类型代码（如 hzcJ-ty），并按照国家税务总 局的相关要求进行操作。