食品经营许可证的申请流程通常包括以下几个步骤，这些步骤可能会因地区或政策的不同而有所差异，但大体上遵循以下流程：
一、准备申请材料首先，申请人需要准备一系列必要的申请材料，这些材料包括但不限于：
食品经营许可证申请书：这是申请食品经营许可证的基本文件，通常由食品药品监督管理部门提供模板，申请人需根据实际情况填写。
营业执照或其他主体资格证明文件：这是证明申请人具备合法经营资格的文件，复印件需核对原件。
主要设备设施布局图或实景照片：这些材料应展示食品经营场所的设备设施布局和操作流程，以确保符合食品安全要求。
食品安全规章制度：包括食品安全自查、从业人员健康管理、进货查验记录、食品安全事故处置等制度，以确保食品安全管理的规范化。
员工身份证和健康证：提供员工身份证明和健康证明，以确保食品经营场所的员工具备合法的身份和健康的身体状况。
授权委托书及代理人身份证明：如果申请人委托他人办理食品经营许可证，需提交授权委托书及代理人的身份证明文件。
将准备好的申请材料提交至所在地设区市或者县级食品药品监督管理部门。提交后，部门会对申请材料进行初步审核，并出具《收件回执》或《受理回执》，以确认申请材料是否齐全、符合法定形式。
三、接受现场核查食品药品监督管理部门会对申请进行现场核查，这是申请流程中的关键环节。核查人员会按照相关标准和要求对食品经营场所进行实地检查，包括场所卫生条件、设备设施布局、操作流程等方面。在核查过程中，核查人员可能会对食品经营场所的布局流程、设备设施、专间及专用操作场所、食品仓库等拍摄照片或影像，并归入食品经营许可档案。
四、审查与决定经过现场核查后，食品药品监督管理部门会对申请进行进一步审查。如果申请材料齐全、符合法定形式，且现场核查结果符合要求，部门会签发通过决定，并制作《食品经营许可证》。如果申请材料不齐全或不符合法定形式，或者现场核查结果不符合要求，部门会出具《不予通过决定书》，并告知申请人需要补正的全部内容。
五、领取食品经营许可证如果申请获得批准，申请人需要按照要求到食品药品监督管理部门领取《食品经营许可证》。许可证上会标注经营者的名称、住所、法定代表人（负责人）、主体业态、经营项目、有效期等信息。申请人需要妥善保管许可证，并在有效期内按照许可证规定的事项进行食品经营活动。