互联网医疗在快速发展的同时也面临诸多挑战，主要包括以下方面：
思维上的桎梏：医疗机构对互联网的兴趣缺乏，部分原因是现有医疗服务市场供不应求，导致医疗机构利用新技术的动力不足。同时，医务工作者对基于互联网的数据采集、表达、存储和处理等不习惯，且传统经验学科思维已固化。
医疗监管的缺位：互联网医疗服务涉及多个领域和部门，监管难度较大。目前行业规范远远滞后于市场应用，服务水平良莠不齐，容易引发不良后果。此外，互联网与医疗跨行业的监管体系、技术标准、产业政策尚未形成，医生资质和诊疗行为的审查和监管问题也未能有效解决。
信息共享的难题：要实现基于互联网的医疗服务，信息共享是必备要素。然而，目前国内真正成功建设CDR（临床数据中心）的医疗机构凤毛麟角，院内信息共享与信息交换程度不高，院际乃至院内基于互联网的信息共享面临的困难更是显而易见。同时，信息安全维护程度有待提高，医疗信息和数据涉及患者的个人信息和财产安全。
诊疗规范的匮乏：目前有很多医生在第三方平台或者机构上为患者提供医疗服务，属于个人行为。一旦发生医疗纠纷，没有医院的依托，医生可能需独自面对。此外，国家只允许网上咨询，对网上诊疗室是不允许的，但互联网健康咨询和诊疗之间的界限模糊，难以划分。
盈利模式的问题：互联网医疗行业至今尚未找到可持续性盈利的模式。除了医疗信息化和医药电商领域外，其他领域的盈利模式尚不成熟，即使是头部企业也面临可持续性盈利的挑战。
技术水平的限制：尽管AI辅助诊疗系统在基层医疗机构的应用取得了一定成效，但大多数还是医学智能辅助诊断系统，多数还在探索阶段。
服务体验的差异：不同地区、不同医疗机构提供的互联网医疗服务水平存在较大差异，这影响了患者的就医体验。
法律法规的滞后：我国现在并没有相关的法律法规和有效的监督管理机制来规范互联网医疗行为，保障互联网医疗的服务质量。这些问题不解决，互联网医疗只能永远走在“健康咨询”的路上，而无法触碰在线“诊断治疗”这一医疗服务的核心。
总的来说，互联网医疗的发展需要在多个方面进行改进和创新，以应对这些挑战并推动其持续发展。
