山东省境外投资备案申请是一个涉及多个步骤和材料的过程，具体流程如下：
准备资料
企业需收集和准备相关文件材料，如投资申请书、公司章程、投资决议、财务报表等。具体材料可能因投资项目情况而异，通常包括《境外投资备案表》、投资主体注册登记证明文件（如营业执照等）、追溯至最终实际控制人的投资主体股权架构图（若有要求）、最新经审计的投资主体财务报表、对外投资设立企业或并购相关章程（或合同、协议）、相关董事会决议或内部决议、前期工作落实情况说明（包括可研报告、投资资金来源情况的说明、投资环境分析评价等）以及境外投资真实性承诺书等。对于并购类对外投资，还需提交尽职调查报告和《境外并购事项前期报告表》等。
填写材料
根据相关部门要求填写境外投资备案申请表格，包括投资项目基本信息、投资方案等内容。
提交申请
将填写完整的申请表格及相关文件提交给山东省商务厅。部分地区可能还需同步提交纸质材料。
审核和审批
山东省商务厅将对企业提交的备案申请进行审核。审核内容包括投资项目的合法性、合规性和可行性等。如果申请材料不完整或不符合要求，商务厅可能会要求企业补充材料或进行修改。
备案登记
经审核通过后，企业将获得境外投资备案证明，并进行备案登记。
监督和报告
企业在境外投资实施过程中，需按照相关规定进行监督和报告，如定期报送项目进展情况、资金流动情况等。
总之，不同投资项目和地区可能在具体流程和要求上存在差异，建议企业在办理境外投资备案前，详细咨询当地相关部门，以确保申请顺利进行。