境外投资备案的申请流程主要包括准备材料、在线填报、提交申请以及审核与证书领取等步骤。具体如下：
准备材料：企业需按照《境外投资管理办法》要求准备一系列文件和材料。这些材料可能包括《境外投资备案表》、营业执照复印件、相关董事会决议或出资决议、对外投资设立的企业章程、可行性研究报告、投资资金来源情况的说明、投资环境分析评价等。对于并购类对外投资，还需提供尽职调查报告和《境外并购事项前期报告表》。
在线填报：企业需登录商务部业务系统统一平台（企业端）——对外投资合作信息服务（需注册后登录）。网址为https://ecomp.mofcom.gov.cn/loginCorp.html。在平台上，企业需要注册并登录账号，然后在线填报《境内主体信息表》和《境外投资备案表》。
提交申请：填报完成后，企业需将相关纸质材料以PDF格式扫描并上传至系统。所有材料上传完毕后，企业点击“保存—上报”，完成申请提交。
审核与证书领取：商务部门将对提交的备案申请进行审核。审核通过后，企业可至省市商务部门自行领取境外投资备案证书，也可选择邮寄送达。
总的来说，企业在办理过程中应注意以下几点：确保所有提交的材料真实、完整、有效，并符合相关法律法规的要求。关注商务部门的审核进度和反馈意见，及时补充或调整材料。遵守国家关于境外投资的相关规定和政策，确保投资活动的合法性和合规性。