办理商业特许经营备案被驳回后是可以再次申请的，以下是一些相关建议：
分析驳回原因商标及经营资源权属问题：如商标获权时间未满一年，或注册商标类别与经营业务不匹配，核准注册的服务项目未涵盖实际经营内容等，需等待商标获权时间满一年，或重新评估、调整商标注册策略，确保商标与经营业务的一致性和涵盖性13.
直营店相关问题：若存在直营店认定问题、经营时间不足、证明文件不足或与备案业务不一致等情况，应根据具体问题进行整改。比如，对于直营店数量不足的情况，可按要求增加直营店；对于经营时间未满一年的直营店，需等待时间满足要求后再申请；同时，要完善直营店的证明文件，确保其与备案业务的一致性123.
特许经营合同及操作手册问题：如果特许经营合同中缺少保护加盟商权益的条款，或操作手册内容不足，无法让加盟商依手册指引成功建店经营，就需要修改和完善合同及操作手册，补充相关必要条款和详细的指导内容，使其符合特许经营的规范和要求13.
企业资格及备案材料问题：当企业未满足成为特许人的资格要求，如经营模式不成熟、服务能力不足，或提交的备案材料不全、错误，地址不详细或未办理前置性审批等，企业要努力提升自身经营模式和服务能力，补齐、修正备案材料，并办理好相关前置审批手续124.
其他常见问题： 像商标权人与备案主体不一致，且未做商标许可使用合同备案或合同存在问题，以及证明材料不足或存在瑕疵等，都需要针对性地解决。比如，规范商标许可使用合同的签订和备案，补充完善各类证明材料等13.
整改问题：根据驳回原因，逐一进行整改落实。如对企业的经营模式、管理体系进行优化，加强对直营店的管理和运营，确保其符合特许经营的要求；修改完善特许经营合同和操作手册，明确各方权利义务，增加实用的指导内容等124.
补充材料：收集和整理完整、准确的备案材料，包括但不限于营业执照、商标注册证、直营店证明文件、特许经营合同样本、操作手册、市场计划书等，确保材料齐全、内容真实有效，并按照要求进行装订和提交145.
学习法规：组织企业相关人员深入学习特许经营相关的法律法规和政策，如《商业特许经营管理条例》等，确保企业在经营和备案过程中严格遵守各项规定，避免因法规理解不足导致的问题2.
专人负责：指定熟悉备案流程和要求的专人负责再次申请工作，该人员要能够及时与商务主管部门沟通协调，跟进申请进度，解决出现的问题，确保申请工作的顺利进行
调整特许经营企业硬件条件 （一）增加直营店数量 如果企业不满足“两店一年”的硬性条件（即拥有至少2个直营店且经营时间超过1年），应首先考虑增加直营店的数量。确保新增直营店符合特许经营的要求，并在运营上达到一定的稳定性。 （二）延长直营店经营时间 如果直营店数量已达到要求，但经营时间未满一年，企业需等待直营店经营时间满一年后再次申请备案。 二、完善特许经营备案的申请资料 （一）提交补充资料 仔细审查备案申请被驳回的原因，针对不足之处准备补充资料。确保所有提交的资料完整、准确、符合法律法规的要求。 （二）说明整改措施 对于存在的问题，制定具体的整改措施和时间表，并在补充资料中详细说明。