公司在有官司的情况下，营业执照是可以注销的，但需要注意以下几点：
一、法律依据根据《中华人民共和国市场主体登记管理条例》第三十一条，市场主体因解散、被宣告破产或者其他法定事由需要终止的，应当依法向登记机关申请注销登记。因此，即使公司有官司，也可以依法申请注销营业执照。
妥善处理法律纠纷：虽然法律允许在有官司的情况下注销营业执照，但为了避免后续的法律风险，公司应在注销前尽可能解决所有的法律纠纷。如果公司在注销后仍有未解决的法律问题，可能会对公司的股东、发起人或者出资人产生不利影响。
完成清算工作：在注销营业执照前，公司需要成立清算组，展开清算工作，包括接管公司财产、了结公司未了业务、收取债权、清理债务等。
通知债权人申报债权：清算组应当自成立之日起十日内通知债权人，并于六十日内进行公告。债权人应当自接到通知书之日起三十日内，未接到通知书的自公告之日起四十五日内，向清算组申报其债权。
制定清算方案：清算组在清理公司财产、编制资产负债表和财产清单后，应当制定清算方案，并报股东会、股东大会或者人民法院确认。
办理注销手续：清算结束后，清算组应当制作清算报告，报股东会、股东大会或者人民法院确认，并报送公司登记机关，申请注销公司登记，公告公司终止。此外，还需要办理相关注销手续，如注销社保账号、税务登记证、银行基本户等。