如果被员工申请劳动仲裁了，企业可以按照以下步骤进行应对：
积极准备相关材料收集证据材料
证明劳动关系方面：整理员工的入职登记表、招聘记录、工作证、工作服、考勤记录、工资发放记录（包括银行转账记录、工资条等）、社保缴费记录、工作邮件、微信工作群聊天记录等，用以证明员工与企业之间存在劳动关系以及劳动关系的存续时间等。
涉及劳动争议焦点方面：针对员工申请仲裁的具体事项，如工资争议，需收集工资核算依据、加班审批记录、绩效评估材料等；若是涉及解除劳动关系争议，则要准备好相关的辞退通知、离职交接记录、员工违纪证据等。
梳理企业规章制度：明确企业的各项规章制度，如考勤制度、薪酬制度、奖惩制度等，并检查这些制度是否符合法律法规要求，是否经过民主程序制定且已向员工公示。在仲裁过程中，合理合法的规章制度可以作为企业处理员工问题的依据。
领取仲裁文书：在收到劳动仲裁委员会的通知后，及时安排专人按照规定的时间和地点领取仲裁申请书副本、应诉通知书、举证通知书等相关仲裁文书，确保不错过重要信息和时间节点。
分析仲裁请求和事实理由：仔细研究员工在仲裁申请中提出的各项请求，如要求支付工资差额、加班工资、经济补偿金、赔偿金等，并分析其依据的事实和理由。明确双方的争议焦点，以便有针对性地准备答辩和证据。
判断案件走向：根据所掌握的证据和对仲裁请求的分析，评估案件的胜诉可能性。如果企业确实存在违法违规行为，应考虑寻求合理的解决方案，尽量降低损失；如果企业认为自身不存在问题，或者员工的请求缺乏事实和法律依据，则要准备好充分的证据进行反驳。
选择应对方式
协商解决：对于一些争议较小、事实较为清楚的案件，可以尝试与员工进行协商，通过沟通达成和解协议，以节省时间和精力，避免对企业声誉造成更大影响。在协商过程中，要保持诚恳的态度，积极寻求双方都能接受的解决方案。
委托代理人：如果案件较为复杂，涉及的法律问题较多，或者企业自身缺乏处理劳动仲裁案件的经验，可以考虑委托专业的劳动法律师作为代理人。律师能够根据案件具体情况，提供专业的法律建议和应对策略，更好地维护企业的合法权益。
准备庭审材料：在庭审前，将整理好的证据材料进行分类编号，制作证据清单，注明每份证据的名称、来源、证明内容等。同时，准备好答辩状，清晰、有条理地阐述企业对仲裁请求的观点和反驳理由。答辩状要围绕双方的争议焦点展开，做到有理有据。
遵守庭审纪律：按照仲裁委员会通知的时间和地点准时参加庭审，庭审过程中要遵守仲裁庭的纪律，尊重仲裁员和对方当事人。认真听取对方的陈述和观点，合理表达自己的意见，避免情绪化的言行。在质证环节，要对对方提供的证据进行仔细审查和质疑，同时充分展示自己的证据优势。
执行仲裁裁决：如果仲裁裁决结果对企业不利，企业应当按照裁决书的要求及时履行义务，如支付工资、经济补偿金等。否则，员工可能会向法院申请强制执行，这将给企业带来更大的法律风险和声誉损失。
提起诉讼：如果企业对仲裁裁决结果不服，认为裁决存在错误或不合理之处，可以在规定的期限内向有管辖权的人民法院提起诉讼。在提起诉讼时，要注意收集新的证据，完善诉讼理由，以争取更好的诉讼结果 。