医院卫生室污水处理设备主要分为物理处理、化学处理、生物处理三个环节：
物理处理环节是对污水中的固体物质进行粗筛选和沉淀。物理处理需要在污水中添加一些具有吸附作用的物质，如沙子、石子等，以此形成沉淀池、格栅等。污水在经过物理处理后，污染物质的浓度得到降低，此时即可进行下一步的化学处理。
化学处理环节是将物理处理环节得到的沉积物进行进一步加工处理。污水在进入化学处理环节后，应添加一定量的药剂，以此对污水中的有机物质、金属离子等进行沉淀剥离等处理。药剂有种类之分，常用的有铁盐、铝盐、萘酚橙等。化学处理能够将污水中的有机物质进行分解，对医院污水的处理效果有较大的改善。
生物处理环节是将化学处理中的污染物质进行进一步处理，使其能够达到排放标准。在一定条件下，细菌和微生物可以生产出生物酶，能够有效降解污水中的有机物质，将污水中的氧化还原电位达到标准水平，达到排放要求。生物处理可以通过活性污泥法、曝气法等进行处理。
对于医院来说，治理卫生室污水，对保障医院内部环境卫生和人员健康起着至关重要的作用。首先，医院卫生室各种化学试剂、药品含有刺激性较强的物质，它们被排到环境中，不仅会对地下水和土壤造成污染，还会对人和动物的身体健康与安全构成威胁。其次，医院是集体常年发生高度活动又注重人们健康的公共场所，对医院环境的卫生和控制病原体的主要手段是隔离、消毒和消毒，如果放任卫生室污水，很容易出现污染，给医生、患者、家属等造成危害。后，现代医院不仅要提供各种仪器设备，还要全方位的完整的服务，一般患者须求方方面面也要得到满意的响应。污水处理设备的存在不仅能够保障医院内部环境的卫生，也可以为患者的安全获取保障，使患者购买便捷有保障。