办理第二类医疗器械经营备案流程：
1、电话咨询或者现场咨询，准备申请材料；
2、网上申报、报送纸质资料；
3、工作人员网上受理；
4、有库房的工作人员现场踏勘；
5、领取第二类医疗器械经营备案。
法律依据：《医疗器械监督管理条例》
第七条 医疗器械产品应当符合医疗器械强制性国家标准；尚无强制性国家标准的，应当符合医疗器械强制性行业标准。
第八条 国家制定医疗器械产业规划和政策，将医疗器械创新纳入发展重点，对创新医疗器械予以优先审评审批，支持创新医疗器械临床推广和使用，推动医疗器械产业高质量发展。国务院药品监督管理部门应当配合国务院有关部门，贯彻实施国家医疗器械产业规划和引导政策。
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