办理郑州二类医疗器械备案证的具体流程如下：
准备申请材料：需填写第二类医疗器械经营备案表，并提供营业执照副本复印件；提供法定代表人、企业负责人、质量负责人的身份证、学历或职称证明复印件；准备企业经营地址、库房地址的地理位置图、平面图，注明实际使用面积，并提供房屋产权证明文件或者租赁协议复印件；还需提供组织机构与部门设置说明、经营设施和设备目录、经营质量管理制度及工作程序等文件目录；若委托他人代办，需提供法人签字的委托书及被委托人身份证复印件，以及申请材料真实性的保证声明56.
网上申报：申请人登录郑州市市场监督管理局的相关系统，按要求填写并提交《第二类医疗器械经营备案表》及相关电子材料18.
材料审核：主管部门会对申请材料的完整性、准确性和合法性进行审核，若发现材料不全或不符合要求，会通知申请人补充或修改12.
现场核查：根据企业的具体情况和申请材料，监管部门可能会安排工作人员到企业的经营场所和库房进行现场核查，检查实际情况是否与申请材料相符12.
领取备案凭证：审核通过且无需现场核查，或现场核查通过后，申请人即可领取《第二类医疗器械经营备案凭证》12.