深圳境外投资备案存在一定难度，主要体现在以下方面：
审查严格：相关部门会从多方面进行严格审查。包括境内主体运营情况，如企业成立时间、经营范围、经营状况、境内股东情况、投资领域等；投资资金来源的真实性与合规性，针对不同资金来源有不同核查方式；境外投资项目的真实性及资金去向，要求提供具体使用计划等，对于敏感性行业及领域监管更为谨慎。
材料复杂：企业需要准备诸多文件，如投资计划书、财务审计报告、股东会决议、证明投资资金来源真实合规的支持性文件等，且不同地区和项目可能要求有所差异，准备过程较为繁琐。
政策变动：境外投资相关政策会根据国际形势、国内经济发展等因素进行调整，企业需要及时了解并适应这些变化，否则可能影响备案审批的进度和结果。