如果香港公司年审逾期了，可以参考以下方法进行处理：
及时联系秘书公司
尽快与秘书公司沟通，因为秘书公司对香港政府的公司管理条例较为熟悉，且与政府 部门有较多的业务往来和较好的沟通基础，能够协助处理年审逾期事宜，向政府 部门申请时间宽限.
尽快完成年审工作
在税务局和公司注册处下发罚款通知书前，利用时间差，由秘书公司尽快帮助公司完成年审，这样虽仍需缴纳罚款，但可避免因逾期时间过长导致罚款金额的进一步增加.
按要求缴纳罚款
如果已经超过了宽限期，需尽快缴纳相应的罚款，以完成公司年审工作，避免产生更严重的后果，如公司被起诉、董事股东被限制出入境、公司被列入黑名单甚至被强制注销等.
申请减免罚款
对于商业登记证逾期更换的情况，可向税务局申请陈述逾期原因，税务局会根据具体情况进行处理，也许可以减少一部分罚款.
恢复已注销公司
若公司因年审逾期时间过长被强制除名注销，可在补缴所有逾期年审费用及罚款后，向香港公司注册处提交恢复申请，重新恢复公司的合法注册地位.