肠道菌群主要受环境因素的影响，特别是饮食，且各种族存在差异，可能与食物文化习惯的差异有关。在人类消化道中，大约有1014微生物物种。
组成人类肠道菌群的90%是强制性厌氧菌，主要产生乳酸（双歧杆菌、乳酸杆菌）和挥发性脂肪酸（拟杆菌、真杆菌），是人体不可缺少的物质。
#02肠道菌群的功能肠道菌群参与了维持人体代谢系统稳态的主要生理功能，其中包括脂质代谢。肠道菌群对宿主脂质代谢的影响可以通过肠道菌群产生的代谢物（如短链脂肪酸、次胆汁酸和三jiaan）以及促炎症细菌衍生因子（如脂多糖）介导。许多研究已经发现了肠道菌群与血脂异常之间的联系。
在分析肥胖个体的元基因组学数据时，发现肥胖患者总微生物基因丰富度的降低与肥胖患者总血清胆固醇和血清甘油三酯的增加有关。实验结果表明，进行饮食干预可以增加微生物基因的丰富度，减少血清脂质，加速脂质代谢。除此之外，肠道菌群处理和消化肠道内营养物质时，会产生大量代谢物。健康的肠道菌群是宿主福祉的决定因素之一。近的科学报告表明，肠道菌群会影响宿主的许多代谢过程。肠道微生物群负责肠道内未消化的碳水化合物、胆汁酸和胆固醇的发酵，还能生产生物素和维生素K，生产调节体内脂肪储存的激素，通过竞争空间和食物来抑制病原体的生长，以及微生物群的产生。
#03肠道菌群衍生物影响人体代谢肠道菌群通过生产短链脂肪（SCFA）影响代谢。SCFA是菌群衍生的代谢物之一，对宿主代谢有积极影响。紫胶螺科种在人体体内能将碳水化合物分解成SCFA，其数量减少将导致SCFA下降，减少肠内血清素（5-HT）的生成，从而影响大脑神经系统状态，严重时会使人出现抑郁症状。
SCFA对宿主代谢很重要，并被用作能量生产、脂质生成、葡萄糖生成和胆固醇合成的底物。研究人员发现肠道菌群的衍生物SCFA能调节胰岛素分泌，影响糖尿病等代谢疾病的发生。
短链脂肪酸，主要包括醋酸盐、丙酸盐和丁酸盐，是结肠纤维发酵产生的细菌代谢物。丁酸盐和丙酸盐的全身浓度都较低，而醋酸盐水平较高。
丁酸盐是结肠细胞的能量来源，而丙酸盐主要由肝脏代谢。Ⅱ型糖尿病（T2DM）个体肠系膜WAT中的菌群物种均匀度明显低于正常水平。
结果表明，一些特定的肠道菌种的五种均匀度变化会导致一些代谢疾病的出现。反之改变肠道内菌群也可以治疗一些代谢疾病。
#04菌群移植治疗代谢疾病大量研究证实了肠道菌群和代谢疾病之间的相互作用。肠道菌群的异常会导致人体系统代谢异常从而引起肥胖，反之肥胖也会改变肠道内菌群的含量。
在肥胖者中，肠道中的菌群计数已被证明会减少。
研究证实，病态肥胖者肝脏和眼部WAT中的细菌DNA含量更高，肥胖使个体肠道微生物菌种多样性的减少。
菌群移植（FMT），现在是一种新的代谢疾病治疗工具，已经在多个人类研究中进行了测试，9名肥胖有代谢综合征的患者在FMT后增加了16个菌组。
肠道菌群和代谢系统之间的研究，为糖尿病、代谢异常导致的肥胖症等代谢疾病的治疗打下了重要基础。