随着水产养殖业的发展，养殖业因病原微生物引起疾病时有发生，对养殖业危害极大。各养殖设施除加强管理外，在饲育水及使用的各类器具上消除病原微生物已成为一个重要课题。臭氧作为一种强氧化剂、消毒剂、催化剂不仅在工业上得到广泛的应用，实践证明臭氧亦在水消毒、改善水质、防止水产养殖系统内的疾病及赤潮解毒等领域得到了成功的应用。通过臭氧杀菌装置可对生物卵消毒 、 养殖水杀菌、设施消毒，可以防止病原体的侵入。臭氧具有强烈的杀菌消毒和水质净化作用，而且无毒无害，是水产养殖和育苗生产中最理想的杀菌净化剂，对防治鱼、虾、海胆、河蟹、甲鱼等生物病害，改善水产养殖的生态环境，有着重要的意义。总之水产养殖中使用臭氧育苗，现在成套的设备价格并不高，一次性投资也不大，而且可节约各种消毒剂，抗菌素，还可以减少换水量，节约燃料煤，应用臭氧育苗，其成活率至少可提高一倍以上而且一套设备可使用数年，从而既可大大节省养殖成本，又可培育出绿色环保食品，从各个方面讲是比较经济的。目前日本及欧美等大部分国家已广泛采用臭氧进行养殖，并禁止采用氯化物等化学消毒剂进行养殖而造成含氯素过高的产品进入其市场，各大报刊时有报道。
处理工艺
1. 淡水养殖中的臭氧杀菌饲育用水的处理模式图：（臭氧投加量：每立方水投加 1 ～ 2 克）
图中所示先以 0.1 ～ 0.3mg/l 浓度处理 5 ～ 10 分钟，再曝气到臭氧浓度 0.003mg/l 以下方可用作饲育水。
2.海水养殖中臭氧杀菌饲育用水的处理模式图：（臭氧投加量：每立方水投加 1 ～ 3 克）
图中所示先以 0.1 ～ 0.5mg/l 浓度处理 5 ～ 10 分钟，再经活性炭槽到臭氧浓度 0.003mg/l 以下方可用作饲育水。
注意：海水养殖需经活性炭槽等将臭氧气体及所生成的强氧化剂去除，不能等同于淡水养殖工系。
3.下图为臭氧在养鱼水处理中的处理工艺：
工艺说明
封闭循环水处理养殖系统工艺是通过海水分阶段处理，提高海水水质，为鱼类提供优良生长环境，工艺包括：
1.海水过滤
主要由微滤、活性碳过滤、沙滤，使水质更新。
2.海水消毒
采用先进臭氧技术杀灭海水中病菌、藻类，降解水中病毒，防止疾病发生。
3.海水增氧
采用纯氧通过高效喷射器形成微细气泡，提高海水中溶解氧。
4.海水升温
采用换热器调节循环水温度，为鱼类提供适宜的温度生长。
工程特点：
1、应用臭氧可降解水中的有机物、氨氮、亚硝酸盐等物质，并杀灭水中的致病菌和浮游生物。
2、大大提高鱼、虾、贝类育苗和养殖的成活率。
3、明显提高饲料的转化率，促进生长，提高产量。
4、避免水质污染，如赤潮、工业废水、生活污水等。
5、避免因周边养殖池的污染、病毒而造成的交叉感染。
6、避免水质恶化和池底污染。
7、降低消耗，降低生产成本。