蛋白質分離器的優點： 1、它不是過濾器，而是一台簡單的機器； 2、它能在有機物分解成有毒廢物前將她分離，減輕了生化系統的負擔； 3、增加水中的溶氧量。
蛋白質分離器的缺點： 1、會氧化水中的微量元素，如鐵、鉬、錳等重要的微量元素； 2、會造成鹽分的喪失； 3、海水被霧化后會無孔不入，且腐蝕性很強； 4、在增氧的同時會排出co2——珊瑚必須的。 雖然蛋白質分離器有許多優點，但它最多只能清除水循環中80%的有機新陳代謝產物。為了達到更佳的效果，蛋白質分離器必須同時配合使用臭氧機。 水中也含有一些蛋白質分離器所不能分解的物質，包括血漿蛋白之類的蛋白質，以及氨基酸中蛋白素的某些成分。通常蛋白質分離器只能清除30%到50%的物質。若要蛋白質分離器愈活躍，它所需要的動力就愈多。 有了動力的輸入及表面的擴大，除了蛋白素的結合之外，還可產生其他的作用。首先，一個非常有利的因素，就是大量的氧氣會注入水中，這些氧氣可以促進細菌分解殘渣。但是，這項作用也會除去水族箱中的二氧化碳，也會因為碳酸鹽硬度下降，並使得ph值升高。由於不同氣體，也就是二氧化碳和氧氣的密集交換，使得反應接觸點部分的氧氣含量極高，因而導致鐵、鉬和錳之類的主要微量元素在水面之外被氧化掉。此外，對於單細胞虫黃藻的影響也十分重大，其用來保存微量元素的凝膠，會因為這種反應而解體。而蛋白質分離器所排放的淨水充滿了豐富的氧氣，只含有少量的二氧化碳、微量元素和維生素，所以在使用蛋白質分離器，必須適當地添加這些物質。然而，這也可能會產生特殊的困難，尤其當蛋白質分離器必須額外地依靠臭氧來工作時，則上述反應都會更加增強。