磷肥以作基肥全层施用为好，即在播种前或移栽前将磷肥均匀地撒在地面，翻耕耙耱，可使磷肥均匀地分布于全耕作层土壤中，这样根系与磷肥接触面大，磷肥利用率高。一般每公顷施千克，即相当于每公顷施用过磷酸钙600-825千克。为了减少土壤对磷肥的固定，磷肥最好与农家肥堆沤或混合后全层施用。
开始吐絮到收花结束这个时期棉铃的生长成为营养供应中心，营养器官所含养分逐渐降低，而生殖器官中所含养分不断提高，氮、磷、钾养分从营养器官向生殖器官转移，以再利用的方式供给棉铃生长。
正确掌握这个时期的养分供应，对增保蕾铃至关重要。由于叶面积逐渐接近最大时期，碳的代谢达到最高峰，这时如氮素供应过多，将碳水化合物过多地用于合成氮化合物，促进营养器官过度增长，常会引起棉株徒长，增加蕾铃脱落，因而棉花生育前期要避免施用过多氮肥。
现蕾到开花盛期这个时期是棉株生长最快的时期，茎叶增多，体内碳水化合物含量上升，达到一生中的第一次高峰。同时，根系也基本建成，吸收养分的能力大大加强，碳的同化和氮的吸收都达到较高水平。养分的合成利用，开始转到营养生长和生殖生长并进时期，而仍以营养生长占优势。
出苗到现蕾这个时期的棉株体小，叶面积也较小，光合作用产物少，吸收氮的数量相对也少。但氮素代谢较旺盛，棉花一生中的含氮水平以这个时期为最高，碳水化合物绝大部分用于合成蛋白质，形成叶与茎的结构物质，部分氮则运往茎内以可溶性盐贮藏起来。
棉花的生长发育经过苗期、蕾期、吐絮期等阶段，生长发育的时期较长，在初花期以前，以扩大营养体为主，生根、长茎、增叶；初花期以后，营养器官生长渐缓，以增蕾、开花、结铃为主，不同生育时期棉花的营养代谢特点也不同。
因而这时棉株含糖量开始从盛花期的高峰逐渐下降，到吐絮期降到近10％，茎部贮藏的糖分大多为棉铃所用，其含量也迅速下降，后期则以单糖直接供给棉铃形成所需为主。这时根部得不到地上部碳水化合物的供给，吸收能力逐渐减弱，使氮功能也急剧降低，反过来又影响地上部的生长，这时棉株含钾量也有所下降。
硼肥可作基肥、种肥和追肥，作种肥施用的硼肥，要特别注意施匀，并避免和种子接触，也不要施在种子的正下方，以免妨碍种子发芽和幼苗生长。追肥一般掌握前轻后重的原则，因地、因时、因苗施用。追肥施足基肥对提高土壤肥力和棉株整个生长发育时期对养分的要求提供了一个良好的基础，但要获得棉花高产，还需适时适量施用追肥，才能确保棉花有良好的养分条件。锌肥以作基肥为好，喷施也有良好的效果。
基肥棉花产量与棉田土壤肥力密切相关，要实现优质高产，要求棉田具有较高的肥力，在棉花生长期间能持续供给棉株生育所需的各种养分。棉花是深根作物，生长期长，需肥量大，对土壤肥力有较高的要求。有机质是土壤肥力的主要物质基础这一，一般有机质高的棉田，土壤肥力也高。
为了提高棉花产量和改善品质，除采用优良品种和先进的栽培管理措施外，合理施肥有举足轻重的作用。现在，国内外化肥生产量不断提高，化肥品种逐渐增多，不仅要在数量上满足棉花生长对各种营养元素的需要，而且要讲究施肥技术。注意农家肥与化肥配合施用，使化肥施用做到经济合理，降低成本，提高效益。
开花盛期到始絮期这个时期棉株的营养生长高峰已过，转入生殖生长占优势，这时棉株体内营养物质主要供棉铃生长，新叶出生减少，原有叶片逐渐衰老，中下部叶片由于荫蔽，光合效能降低。
棉田培肥土壤的途径是多施农家肥，配合适量化肥于播种前作基肥施入土壤。作基肥用的肥料，施的深度较深，而翻耕后能使土肥相融，肥效比较平衡，保持时间长，有利改良土壤，培肥地力。长期不施农家肥，单纯靠化肥供给棉花营养物质，往往容易使土壤结构变差，造成某种营养元素的不平衡，不能保证棉花优质高产。
由于农家肥数量有限，肥效慢，适当配合施用速效的化肥，才能获得更好的增产效果。与农家肥一起在耕翻前施入土壤(其余的在花铃期作追肥)，可获得良好效果。尤其是低产棉田，通过施用化肥起步，以化肥促农家肥，达到培肥土壤的目的。中上等地力壤质土壤，保肥、供肥能力较强，氮肥分两次施为好。
钾肥以基肥、追肥各半施用效果较好，单作基肥施用也有良好效果。中国南方土壤普遍缺钾，要重视施用钾肥，北方土壤缺钾较少，但近年来北方一些棉田施钾也有明显效果，也要注意施用钾肥。