监管的精准性、透明性有待提升：冷链物流监管需要覆盖从生产到消费的全流程各个环节，对数据采集的实时性、准确性、真实性、完整性以及数据传输效率要求很高。当前，数据采集过程中还存在大量的手工采集方式，由于无法实施有效的监管，造成一定程度的瞒报、漏报、误报等问题，难以实现全流程的精准管控，也造成生鲜产品信息不透明，对消费者和企业缺乏公平和公信力，不利于冷链行业的健康发展。
新冠肺炎疫情防控过程中暴露出物流网络，特别是冷链物流网络同通信网、互联网、交通网、公安网等严重分治的问题，行业数据封闭割据的情况严重，难以综合利用相关行业的大数据来精准追踪病毒的历史行踪、圈定密切接触主体和可能的受感染人群，以便及时做出应急处理响应。流行病调查基本上还是根据对患者的询问调查来确定其历史行踪和密切接触人员，但对于患者不认识的大部分接触者，只能通过社交媒体来公布患者的既往活动场所，被动地提醒有关人员。这样就给疫情防控带来了极大的不确定性。这就提醒我们，亟须建立全国一盘棋的信息网络系统。
标准和法规体系尚待完善
目前，虽然已经出台了大约300多项涉及冷链物流的标准和行业标准，但缺少针对冷链设施设备建设、温度控制和操作规范等方面的统一标准。已有标准多为区域性、单品类商品的标准，即使是同类货物在不同地区的标准也存在差异，尚未形成全国统一、品类齐全的冷链物流标准。已发布的标准中推荐性标准居多，强制性标准较少，有些企业在经营过程中利用标准不完善的缺陷，影响公平竞争的环境。除了体系化的冷链物流标准，还应考虑适时出台专门针对冷链物流的法律法规。
在标准和法规尚待健全的“空窗期”，由于标准体系的不完善和协调推进难度大、冷链基础设施建设落后使得标准推行缺少必要的依托等原因，造成相关标准发布后推广效果不理想。
监管手段和管理方式落后：冷链物流中的很多环节都是处于无人值守的状态，只有确保各个环节可靠可控，才能保证冷链物流产品质量和服务水平。在实践中，落后的管理手段不仅造成管理效率和生产效率低下，甚至阻碍了流通的正常运行。由于信息技术应用不成体系，相关物流环节信息传输不畅，监管缺少有效抓手，导致产品在冷链运输途中存在延误和断链现象。
我国冷链物流基础设施和物流体系的发展总体较为滞后，且区域分布不均衡。冷链物流产业除了积极提升自身管理能力之外，亟须建设运力调配和产品供需信息系统，提高现有冷链物流系统的效率和利用率。