公司办理食品经营许可证的步骤流程如下：
准备申请材料
食品经营许可申请书：需如实填写相关信息并加盖公章。
营业执照或者其他主体资格证明文件复印件：证明公司具有合法经营资格。
与食品经营相适应的主要设备设施布局、操作流程等文件：清晰展示公司食品经营的设备设施布局情况以及食品加工、销售等操作流程。
食品安全自查、从业人员健康管理、进货查验记录、食品安全事故处置等保证食品安全的规章制度：建立完善的食品安全管理制度，确保食品经营过程中的安全。
利用自动售货设备从事食品销售的，申请人还应当提交自动售货设备的产品合格证明、具体放置地点，经营者名称、住所、联系方式、食品经营许可证的公示方法等材料：若有自动售货设备，需按要求提供相关材料。
法定代表人、食品安全管理人员的身份证明：提供相关人员的身份证明文件复印件。
委托他人办理的，还需提交授权委托书及代理人的身份证明文件：若委托他人办理食品经营许可申请，需提供授权委托书和代理人的身份证明。
提交申请
申请人可以登录当地政务服务网或市场监督管理部门指定的在线平台，在线填写申请信息并上传申请材料。
也可以直接到所在地县级以上地方市场监督管理部门的办事窗口提交纸质申请材料。
受理
市场监督管理部门收到申请材料后，会当场对申请材料进行审查。
申请材料存在可以当场更正的错误的，允许申请人当场更正；申请材料不齐全或者不符合法定形式的，会当场或者在 5 个工作日内一次告知申请人需要补正的全部内容；申请材料齐全、符合法定形式，或者申请人按照要求提交全部补正材料的，会予以受理，并出具受理通知书。
审查与决定
市场监督管理部门会对申请人提交的许可申请材料进行审查。需要对申请材料的实质内容进行核实的，会进行现场核查。仅申请预包装食品销售（不含冷藏冷冻食品）的，以及食品经营许可变更不改变设施和布局的，可以不进行现场核查。
市场监督管理部门自受理申请之日起 20 个工作日内作出是否准予行政许可的决定。因特殊原因需要延长期限的，经本行政机关负责人批准，可以延长 10 个工作日，并将延长期限的理由告知申请人。
对符合条件的，作出准予经营许可的决定，并自作出决定之日起 10 个工作日内向申请人颁发食品经营许可证；对不符合条件的，会及时作出不予许可的书面决定并说明理由，同时告知申请人依法享有申请行政复议或者提起行政诉讼的权利。
领证
申请人在收到准予许可的通知后，按照规定的时间和地点领取食品经营许可证。食品经营许可证发证日期为许可决定作出的日期，有效期为 5 年。
