微生物菌肥的功能主体是活的微生物，长时间的太阳光照射会杀灭多种微生物，在储运和使用过程中一般需避免太阳暴晒，特别是液体菌剂害怕长时间暴露于日光之中。非芽孢菌剂比芽孢类菌剂更易受日光的伤害。固体生物有机肥施于植物根部，应及时覆士。
液体生物菌肥除了像固体生物有机肥一样可施于植物根部并及时覆土外，还可蘸根、滴灌、喷施。
为了提高液体生物菌肥的使用效果，喷施应该注意以下几个方面：
1、喷施时间应在下午；
2、应该开喷施后的大雨冲刷；
3、叶面喷施应主要喷在叶子背面，叶子正面多细毛不亲水，使液体不易附着。背光面易附着，效果好。
4、有些果蔬类作物在开花时喷施并未出现影响授粉的现象，还有保果作用，如番茄、辣椒、各种果树等。西瓜、草莓花后现果时继续间歇喷施能提高甜度。对苹果、梨等果树直接喷施应避开盛花期授粉过程。
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益昊生物集团是一家以微生物为核心，专注于微生物制剂产品研究和生产的综合性生物企业，产品覆盖饲用生物制剂、农业微生物、食品益生菌和环保微生物四大领域，公司总部位于美丽的青岛。 科研保障：集团自成立以来，迅速发展壮大，截止目前，拥有6家子公司，员工200余人。企业技术中心拥有一支由3名博士和10余名硕士组成的高素质研发队伍，坚持自主研发的同时，积极与中国农业科学院、国家海洋局第一海洋研究所、山东大学、中国海洋大学、山东农业大学、青岛农业大学等国内外高端院校、科研机构开展联合研发和技术合作，公司目前已经申请专利16项，目前是中国畜牧兽医学会动物微生态学分会副理事长，中国发酵产业协会会员，山东省饲料行业协会理事单位。益昊集团母公司为青岛益昊生物技术有限公司，下设山东益昊生物科技有限公司、潍坊益昊生物技术有限公司、青岛诺森生物技术有限公司。拥有三个工厂，其中两个是微生物菌剂工厂，一个食品益生菌工厂，欢迎合作咨询。