近几年微生物肥料有了突飞猛进的发展，使用量越来越大，微生物菌剂菌种对农业种植和土壤的作用是多方面的，那微生物肥料是如何降解土壤有毒有害物质的呢？
微生物肥料的长期使用可以修复被污染的土壤。微生物对土壤的修复是指微生物一方面对土壤中有毒物质的分解和吸附作用，另一方面是微生物与生物有机物协同作用改变土壤的物理和化学特性，以便更适合于农作物健康成长。
土壤中的有毒有害物质通过微生物的繁殖和代谢作用得到分解或富集。微生物繁殖和代谢必须要有一定的温度、水分、空气和有机质。有机质被微生物分解的过程为微生物提供了代谢的能量和营养。微生物有了能量和营养，就会合成生物催化酶来分解田地里的有毒有害物质。有毒有害物质大多为有机合成品，微生物分泌的酶作用于这些有机合成品的某个化学键，或作用于某个基团，或改变某个基团的位置，或将某个环打开，从而改变有害物质的毒性，*终将这些物质逐步氧化成二氧化碳和水。
自然界中还存在一些元素，它们有较大的原子量，常被称作重金属元素。它们及其化合物对人类有一定的毒性。这些重金属元素存在于某些土壤中，通过植株进入可食部分，对农产品造成污染。如果长期使用微生物肥料，微生物肥料中的微生物就会在植物根部形成一层被膜，防止重金属进入植株。有的微生物与重金属结合，形成不溶于水的物质，再也进不了植株。这些微生物不能降解重金属，但可阻止重金属进入植株。如果连续种植能富集重金属的植物，就可让重金属直接进入植物体中，然后将该植物焚烧，从其灰爆中提取重个属，从而使土壤重金属总量减少。这个过程是相当缓慢的。国外的试验证明，完成土壤重金属污染修复过程，一般需要30多年时间，才能使士壤重金属含量显著下降。
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