1、概念不同：消字号是指针对物体表面、人体皮肤粘膜、空气等具有杀菌、抗抑菌功效的产品批号，分为消毒剂、消毒器械、卫生用品（抗抑菌制剂和一次性卫生用品）；药字号即指的是国药准字号的一类产品。
2.审批流程不同：消字号是经过省或市一级卫生部门审批的，审批过程需要进行企业标准备案、产品检测、安评报告；药字号则是在国家食品药品监督管理总局审批，需要经过三期临床试验、现场实验、配方认证等过程而取得的国药准字号。
3.费用不同：消字号根据不同分类，抗抑菌类的只要几千，消毒剂则费用高一些，需要上万；药字号不管是什么类型的，费用基本都在300万以上，新药费用更高。
4.申报主体的要求不同：消字号申报主体只要是有限责任公司，经营范围包含消毒用品销售，有生产卫生许可证就直接申报，没有生产卫生许可证就委托生产厂进行申报；药字号的申报主体必须是有GMP认证的药厂车间提出申请，所有硬件设施符合药品的要求才可以。