人工心肺设备申请CE认证的流程及步骤一般如下：
申请人选择认证机构：首先需要选择认证机构并与其联系，了解申请程序和文件要求等。
编制技术文件：根据CE认证的要求，编制符合标准要求的技术文件，其中包括使用说明书、设计文件、质量保证文件、安全性能文件等。
委托测试：将制造的人工心肺设备样品提交给认证机构进行测试和评估，其中包括性能测试、安全性评估等。
评估文件审查：认证机构对提交的技术文件进行审查，确认其是否符合CE认证的相关标准和指令的要求。
工厂检查：认证机构会对生产制造人工心肺设备的厂商进行现场检查，确认其生产和质量管理体系是否符合CE认证的相关要求。
发放认证证书：经过以上步骤的审核和评估，认证机构如果认为申请人的人工心肺设备符合CE认证的要求，会发放认证证书。
需要注意的是，以上流程的具体细节可能会因申请人、认证机构、认证要求等因素而有所不同。同时，不同国家或地区的认证要求也有所不同，申请人需要根据实际情况进行合理调整。