深圳境外投资备案的流程相对复杂且严谨，主要包括以下几个步骤：
一、准备阶段
确定申报级别：
如果是中央管理企业，以及中方投资额3亿美元及以上的深圳企业，需在国家发改委办理境外投资备案。
中方投资额在3亿美元以下的深圳企业在深圳市发改委办理境外投资备案。
准备申报材料：
包括但不限于企业营业执照、法人代表身份证明、资金来源证明、投资协议、境外投资备案表、投资项目申请报告等。
材料准备过程中，需要特别注意材料的真实性、完整性和合规性。
二、在线申报与审核
发改委备案：
登录全国境外投资管理和服务网络系统（http://jwtz.ndrc.gov.cn/），在线填写申请表单，上传规定格式的申请材料。
等待发改委对项目进行审核，主要考察投资项目是否敏感，直接或间接投资及投资金额是否合理等。
审核通过后，发放核准文件或备案通知书。
商务部审批发证：
通过商务部业务系统统一平台和深圳市行政审批服务综合管理系统同步申请。
按照材料清单的要求将所有申请材料盖章扫描后，以PDF格式文件上传。
在系统中填写申报信息，如境外投资备案表、投资项目相关信息等。
提交审核后，等待商务部门审核。商务部门主要审核标的公司的基本情况，是否符合相关法律法规要求。
审核通过后，发放《企业境外投资证书》。
三、外汇登记
携带材料：携带已获批的发改委和商务部文件等相关材料。
前往银行：前往企业注册地银行办理外汇登记手续。
审核与发证：投资金额500万美金以上的，需向外管部门汇报。外管部门审核后，向境内企业发放《境外直接投资外汇登记证》。
四、后续操作
注意有效期：企业应在收到《企业境外投资证书》2年内在境外开展投资。
合规经营：在境外投资过程中，企业应遵守当地法律法规，确保合规经营。
整个境外投资备案流程办理时间通常需要2至3个月左右，具体时间可能会因项目情况、审核部门工作效率等因素有所不同。因此，建议企业提前做好准备，确保申请材料的真实性、完整性和合规性，以顺利完成备案流程。