上海注册外资合伙企业的税收政策主要有以下方面：
所得税一般规定：合伙企业本身不具有法人地位，不属于企业所得税纳税主体，无需缴纳企业所得税。其生产经营所得和其他所得，按照 “先分后税” 原则，以每一合伙人为纳税人，分别缴纳个人所得税或企业所得税。自然人合伙人缴纳个人所得税，法人或者其他机构缴纳企业所得税.
经营所得：合伙企业每一纳税年度的收入总额减除成本、费用以及损失后的余额，作为各合伙人之间利润分配的依据。自然人合伙人按照个体工商户经营所得征收，适用 5%-35% 的五级超额累进税率；公司合伙人将所得并入当期收入按照 25% 缴纳企业所得税.
创投企业的股权转让收入：2019 年国税局发布《财政部税务局发展改革委证监会关于创业投资企业个人合伙人所得税政策问题的通知》（财税〔2019〕8 号）文件规定，创投企业可以选择按单一投资基金核算或者按创投企业年度所得整体核算两种方式之一，对其个人合伙人来源于创投企业的所得计算个人所得税应纳税额。创投企业选择按单一投资基金核算的，其个人合伙人从该基金应分得的股权转让所得和股息红利所得，按照 20% 税率计算缴纳个人所得税。创投企业选择按年度所得整体核算的，其个人合伙人应从创投企业取得的所得，按照 “经营所得” 项目、5%-35% 的超额累进税率计算缴纳个人所得税.
根据合伙企业的正常业务类型，区分不同的税率和征收率正常缴纳增值税，并在增值税的基数上缴纳相应的附加税费，与其他企业并无不同.
税收优惠政策特定区域优惠：如在上海奉贤区，外商投资企业的外国投资者将从公司取得的利润直接再投资于该公司，经营时间不少于 5 年的，经投资者申请，税务机关批准，退还其再投资部分已交纳所得税的 40% 税款。外商投资企业的外国投资者在中国境内直接再投资举办、扩建产品出口企业或技术先进企业，经营时间不少于 5 年的，经投资者申请，税务机关批准，全部退还其再投资部分已交纳的企业所得税税款.
产业优惠：从事经国务院批准的《外商投资企业指导目录》中的鼓励类项目的外商投资企业追加投资，企业注册资本增加 6000 万美元以上，或增加注册资本 1500 万美元以上且超过原来注册资本 50% 以上，经营时间不少于 5 年的，经投资者申请，税务机关批准，其增加投资部分所交纳的所得税实行 “两免三减半”.
高新技术企业等优惠：属于高新技术企业、软件企业、集成电路设计等国家重点发展产业的外资合伙企业，可享受企业所得税减免政策.
外资研发中心优惠：对于外资在上海设立的研发中心等，可能在进口设备关税、增值税等方面享受减免优惠，以及在企业所得税方面享受一定的优惠政策，具体优惠程度会根据不同的情况和相关政策规定有所差异 。
地方财政补贴：上海各区及开发区为吸引外资，对外资企业会有不同程度的财政补贴政策，如对新设立的外资合伙企业给予一次性的开办补贴、对符合条件的企业给予办公场地租金补贴等，这些补贴虽然不属于直接的税收优惠，但可以降低企业的运营成本，间接减轻企业的税负.