员工发生工伤后未认定为工伤，可以通过以下几种方式处理：
了解未认定原因仔细查看不予认定工伤的决定书，明确具体理由。一般未认定工伤可能是因为证据不足，如劳动关系不明确、事故发生情形不符合工伤认定标准等；也可能是对工伤认定政策的理解和适用存在偏差等。
收集补充证据劳动关系证明：如果是因为劳动关系证据不足，可以补充工资支付记录、工作证、工作服、考勤记录、其他劳动者的证言等能证明劳动关系的材料4。
事故相关证据：收集事故现场的证人证言，工作环境的照片或视频，能证明受伤是在工作时间、工作场所、因工作原因的相关材料等，以证明事故情形符合工伤认定标准4。
如果认为工伤认定部门作出的不予认定决定存在错误，可以在规定的时间内向上一级工伤认定部门申请行政复议。复议机关会对原认定的事实、证据、程序等进行审查，需准备好充分的证据来支持自己的诉求。
提起行政诉讼可以直接向法院提起行政诉讼，由法院来审查工伤认定部门作出决定的合法性。在此过程中，要准备好充分的证据来支持自己的诉求，比如证人证言、医院诊断证明、事故现场相关证据等。
与用人单位协商尝试与用人单位协商，虽然不能认定工伤，但基于公平合理原则或者人道主义精神，用人单位可能会对员工的受伤情况给予一定的补偿或者帮助。