商业发票金额做低确实会影响到企业的出口退税。以下是具体的分析：
一、退税金额减少低开出口发票意味着发票金额低于实际交易金额。在申请增值税退税时，退税基数是依据发票金额来确定的。因此，发票金额做低会导致退税基数降低，从而使得退税金额相应减少。
二、税务风险增加低开出口发票是一种违反税收法规的行为。一旦被税务机关查处，企业将面临补缴税款、滞纳金、罚款等处罚。这些处罚不仅会增加企业的财务负担，还可能对企业的声誉和信誉造成损害。更为严重的是，如果企业因此被列入税收违法“黑名单”，将受到更为严格的监管和限制。
三、影响企业长远发展低开出口发票可能导致企业在国际市场上的形象和声誉受损。这种不诚信的行为可能会让客户对企业的信任度降低，从而影响企业的业务合作和长期发展。