货物进入保税区后，向海关申请简单加工，加工后可根据客户需求转进口至国内货转出口至国外。
例如，某企业是做电子产品出口的，由于后期产品技术的突破，包装升级等问题，境外客户要求更换包装、产品检测、升级等原因需要返回国内更换，那么该企业可以选择将这批退回来的货物存放在综合保税区仓库，根据该企业的需求提供相应的增值服务，不仅提升了通关效率，也节约了相关费用，帮助该企业降低运营成本，提升其经济效益。
保税加工一般分为3种模式：
标准加工模式，即A+B=C+X+Y：此模式为标准加工的模式，即使用物料A和物料B进行加工生产，成品变为C，X为加工过程的损耗，Y为加工后剩余的边角料。通过保税加工生产，必须申请海关加工贸易手册（账册），加工手册内确认加工生产的BOM，以便完成加工生产后复运出境核销。
简单商业流通加工模式，即A+B=A+B：此模式主要是指为了商业目的（比如销售、礼包等）在完税或复运出境前，在保税区内进行的简单商业加工，即仅将货物A和货物B进行一定比例的组合打包，并未改变货物A和货物B的本身状态，仅包装有变化。这个模式不属于真正加工生产，所以不用申请海关加工贸易手册（账册），入境（进入保税仓库）和出境（离开保税仓库）的申报品名数量完全一致。
维修模式（再利用），AB=A'B：保税维修，可以对货物损坏的部件进行维修或更换， 比如货物AB中的A坏了要更换成新的A’，则维修后的货物为A'B。此模式也是要申请加工贸易（维修），更换下来的坏件原则上必须复运出境。