2012年7月4日，《人民日报》第8版“社会”栏目刊发报道《我们进入直饮水时代了吗》，援引清华大学环境学院水业政策研究中心主任傅涛的观点，对住建部此前公布的2011年全国城市自来水出厂水合格率达到83%的数据提出质疑。
2012年7月1日，新的《生活饮用水标准》(GB5749-2006)在全国强制实施，但水质达标情况仍旧不容乐观。5月7日，财新《新世纪》周刊发表封面文章《自来水真相》，该文有限披露住建部水质中心2009年的城市自来水水质普查数据：中国县级以上(含县级)城市的4000多家自来水厂中，出厂水质不达标的，至少为“1000家以上”;未被证实的信息则显示，不合格率可能接近一半。该文发表后，在全国引起巨大反响，媒体和网民一致呼吁住建部公开相关调查数字。
2012年5月10日，住建部水质中心主任邵益生在接受新华社采访时称，按新的《生活饮用水卫生标准》评价，2009年住建部水质中心对全国4457个城镇自来水厂进行的水质普查结果显示，城市自来水厂出厂水质达标率为58.2%。显然，其不达标率41.8%，印证了财新调查的真实性。
但住建部同时公布了另一个数字：2011年住建部水质中心会同有关单位组织国家认可的专业水质检测机构，对占全国城市公共供水能力80%的自来水厂出厂水进行的抽样检测，自来水厂出厂水质达标率升至83%。
根据住建部相关人士的解释，出厂水水质合格率从58.2%上升至83%的原因在于：住建部为加快城镇自来水水质达到新标准要求，制定了城镇供水设施改造与建设专项规划，升级改造自来水厂工艺和更新老旧管网，提高供水设施水平;加强水质检测监测，严格要求供水企业实施精细化管理;加强应急能力建设，提高应对突发性水源污染的水质净化能力，等等。
2012年6月27日，国家发改委副主任杜鹰代表国务院向全国人大常委会作报告时，再次引用自来水出厂水合格率为83%这一数据。杜鹰在报告时指出，2011年全国设市城市公共供水厂出厂水水样达标率为83%，设市城市和县城公共供水末梢水水样达标率为79.6%。
不过，清华大学环境学院水业政策研究中心主任傅涛在接受《人民日报》采访时指出，这几年城市供水水质确实有一定提高，但应客观看待58.2%到83%的数字变化。
傅涛分析指出，2009年58.2%的检测合格率，是对全国4457个城镇自来水厂进行了普查，而且采取的是第三方检测的方式。2011年83%的合格率，则是对占全国城市供水能力80%的自来水厂进行的抽样检测。
“需要说明的是，占全国供水能力80%的自来水厂，大部分集中在大中城市，大中城市对供水投入比较多，也在更新管网，水质合格率比较高。所以，58.2%和83%这两个数字的基数不同，水质的提高并没有数据反映的那么明显。”傅涛说。
傅涛进一步指出，由于近年自来水厂的源水水质不断恶化，城市供水管网更新投资很少，“水质提升不可能这么快。”
根据财新记者此前的调查，2009年至2011年之间，中国城市水源地污染状况并没有发生根本性改变，水源污染率仍接近50%，要想将近50%的污染水源水处理为合格自来水，水厂起码应当上马深度处理工艺。但两年之间，中国水厂的深度处理工艺并未大幅增加。
一位接近住建部水质部门的知情人士告诉财新记者：“尽管水源污染严重，至2009年底，在全国县以上4000多家自来水厂中，98%仍使用传统工艺。目前，仅有北京、上海、广州、深圳和杭州、郑州等部分城市的部分水厂实现了深度处理。”两年之间，全国县级及县以上城市水厂中上马深度处理工艺的比例，最多从2%上升至3%。
此外，由于现有监测制度存在漏洞，新标准看似将指标从35项增加到106项，但其中有更大空间可被利用，让地方机构和相关部门更轻易将水质打扮成“合格”。
“过去用35项作分母，现在用106项作分母，反倒有利于地方。前者只要两项不合格，就达不到95%，后者即便有五项指标不合格，水质整体仍可算作合格。”清华大学环境学院教授王占生告诉财新记者。
考虑到全国水厂水质检测次数少、检测能力不足、自检自测现象普遍且水质信息不透明等多重原因，有专家认为，未来一段时间内，各地方机构仍将对水质状况自说自话，而自来水水质的真实情况则难以了解。
中国疾控中心环境与健康相关产品安全所水质安全监测室研究员张岚在接受《人民日报》采访时也表示，解决水源水质、水处理工艺、管网和二次供水设施等问题需要从多方面进行努力。
“政府的投入和支持极为重要，但是不少地区在这方面的财政资金投入明显不足。”张岚说。