企业申请高新技术企业认定需要准备的材料如下：
基础材料：
《高新技术企业认定申请书》：在 “高新技术企业认定管理工作网” 上按要求填写后在线打印，并由企业法定代表人签名、加盖企业公章。
证明企业依法成立的相关注册登记证件：如企业营业执照副本等的复印件，需清晰可辨且在有效期内。
知识产权相关材料：
知识产权证书：提供已获得的专利（包括发明专利、实用新型专利、外观设计专利）、软件著作权、集成电路布图设计专有权、植物新品种等知识产权的证书。如果是通过受让、受赠、并购等方式取得的知识产权，还需提供相关主管机关出具的变更证明等材料。
反映技术水平的证明材料：例如知识产权的技术说明书、权利要求书等，用于证明知识产权的技术含量和创新性。对于参与制定标准的企业，还需提供相关标准文本及企业在标准制定过程中所起作用的证明文件。
科研项目相关材料：
科研项目立项证明：包括各级部门立项安排的科技计划、新产品试制计划文件复印件（可简化封页和项目页），企业自行安排的研发项目的立项计划和依据，以及委托开发和合作开发研究的项目需提交委托开发和合作开发协议等。对于已验收或结题的项目，需附上验收证明、结题报告、产品质量检验报告、用户报告等。
研发活动说明材料：对企业近三年的研究开发活动进行详细说明，包括研发项目的背景、目标、技术路线、研发投入、研发成果等方面的情况。
科技成果转化材料：
科技成果转化情况说明：对企业的科技成果转化总体情况进行概述，包括转化的形式（如自行投资实施转化、向他人技术成果、许可他人使用技术成果、与他人共同实施转化等）和应用成效等，并逐项说明具体的转化项目。
转化证明材料：根据不同的转化形式，提供相应的证明材料。例如，转化为产品的，可提供新产品证书、检测报告、新产品新技术鉴定验收证书、新产品查新报告、新产品销售证明、生产登记批准书等；转化为服务的，可提供销售合同、发票、用户意见、收入证明等；转化为样品、样机的，可提供检测报告、实物照片等。如果是受让他人技术成果进行转化的，还需补充提交技术协议。
企业人员相关材料：
企业职工和科技人员情况说明材料：包括在职、兼职和临时聘用人员人数、人员学历结构、科技人员名单及其工作岗位等。需提供 2019 年 12 月和申报时上月度社会保险参保证明，如参保人数与实际职工人数有差异的，要提供相关说明和证明材料。
研发人员的绩效考核文件：用于证明企业对研发人员的管理和考核情况，如研发人员的绩效考核制度、考核记录、奖励措施等。
财务相关材料：
近三个会计年度研究开发费用专项审计报告：由符合条件的中介机构对企业近三年的研究开发费用进行审计，并出具专项审计报告。报告中应详细列示企业每个研发项目的费用支出情况，包括人员人工费用、直接投入费用、折旧费用与长期待摊费用、无形资产摊销费用、设计费用、装备调试费用与试验费用、委托外部研究开发费用等，同时需附研究开发活动说明材料。
近一个会计年度高新技术产品（服务）收入专项审计报告：中介机构对企业近一年的高新技术产品（服务）收入进行审计，确认其收入金额是否达到认定标准要求。
中介机构出具的专项审计报告：
经中介机构鉴证的企业近三个会计年度的财务会计报告：包括会计报表（资产负债表、利润表、现金流量表）、会计报表附注和财务情况说明书。
近三个会计年度企业所得税年度纳税申报表：包括主表及附表，需经主管税务机关盖章确认，用于证明企业的经营状况和纳税情况。
其他材料：
研究开发组织管理水平证明材料：如企业研究开发的组织管理制度、研发投入核算体系、研发费用辅助账等具体说明材料；企业研发机构设立的批复、研发机构简要介绍及主要科研仪器设备；有产学研合作的提供产学研合作协议；科技成果转化的组织实施与激励奖励制度、开放式的创新创业平台等具体说明材料；科技人员的培养进修、职工技能培训、优秀人才引进、人才绩效评价奖励制度等具体说明材料。
企业相关荣誉证书：企业获得的与技术创新、产品质量、企业管理等方面相关的荣誉证书、奖项等，可作为企业综合实力的辅助证明材料。